Вслед за этим свободная публикация материалов сменилась молчанием в отношении работ и открытий, касавшихся деления атомов. Одним из инициаторов засекречивания исследований в области атомной энергии был венгерский ученый Лео Сцилард, переселившийся в Америку из Европы в годы фашизма. По его инициативе Альберт Эйнштейн отправил письмо президенту Рузвельту, в котором указал на возможность появления бомбы нового типа на основе атомной энергии, которая должна обладать чудовищной разрушительной силой, и высказал опасение, что фашистская Германия может первой создать такую бомбу.
Была введена строгая цензура на научные публикации, в печати запрещалось употреблять даже выражение «атомная энергия». Именно на этот факт обратили внимание начальник научно-технической разведки Леонид Квасников и нью-йоркский резидент Гайк Овакимян. Имея его подтверждающие данные об запрете публикаций по урановой проблеме на Западе, Квасников инициировал посылку директивы резидентурам в США, Англии, Франции и Германии о начале поиска научных центров, где могут вестись исследования по созданию атомного оружия, а также обеспечить получение достоверной развединформации.
Сначала пришел ответ из Германии: в донесении говорилось о том, что недалеко от Пенемюнде в засекреченном исследовательском центре немцы разрабатывают дистанционно управляемые ракеты ФАУ-1 и ФАУ-2, способные за полчаса преодолеть расстояние в 500 км и стать средством доставки урановой бомбы. В сентябре 1941 года пришла информация из Лондона. Это были ценнейшие материалы, в которых очень кратко сообщалось содержание представленного Черчиллю особо секретного доклада, а также информация о том, что идея создания сверхмощного оружия приобрела вполне реальные очертания. Досконально изучив разведывательные данные из Лондона, Квасников доложил информацию Берии. С началом войны руководство страны объединило НКГБ и НКВД во главе с Берия, а в апреле 1943 года опять разделили наркомат на НКГБ, который возглавил Меркулов и НКВД, оставшийся под руководством Берия.
Реакция Лаврентия Павловича на доклад Квасникова тогда была отрицательной. Берия считал, что это «деза», нацеленная на отвлечение материальных, людских и научных ресурсов от удовлетворения насущных потребностей фронта. Через некоторое время Сталину пришло письмо от ученого-физика Флерова, открывшего еще до войны вместе с Петржаком спонтанное деление ядер урана. Он писал вождю: «Одной такой бомбы достаточно для полного уничтожения Москвы или Берлина, в зависимости от того, в чьих руках бомба будет находиться. Государство, первым изготовившее такое оружие, сможет диктовать свои условия всему миру».
В апреле 1942 года Флеров направляет второе письмо на имя Сталина: «Это мое последнее обращение к Вам, и если Вы