Для реализации новых идей и научной комплексной программы нужен был высококвалифицированный коллектив. И Дж. Алиев, работая в институте Ботаники Академии наук и в институте земледелия, занялся подготовкой научных кадров, привлекая выпускников вузов республики. Сознавая, что наука успешно развивается на стыке научных дисциплин, он привлек химиков, физиков, математиков, которые повысили свой теоретический уровень в крупнейших научных центрах бывшего Союза. Благодаря этому впервые в республике было положено начало применения математических методов и компьютерной техники при решении теоретических и практических вопросов биологии и сельскохозяйственной науки. Ныне некоторые из них успешно работают в научных центрах Германии, Японии, Франции, Голландии, США,Канаде.
Когда человек отдает все лучшее, что у него есть, это всегда много стоит. Дж. Алиев отдал ученикам все, что имела душа и богатый опыт, глубокие знания. По его инициативе и содействию подготовлено около 250 кандидатов и докторов наук. Сам он воспитал более 50 молодых ученых, ставших впоследствии кандидатами и докторами наук.
В начале 80-х по его инициативе в Пиршаги начали строить селекционный комплекс с фитотронами и теплицами, который был введен в эксплуатацию в 1986 году. Он нужен был для выращивания растений в искусственно регулируемых условиях, а также изучения как влияет на них температура, освещенность, влажность и другие факторы. Здесь можно было получить несколько урожаев в год и ускорять селекционные процессы. В строительстве комплекса Дж Алиев вложил частицу своей души, окружив себя заботами и неугомонными хлопотами. Вкупе они составляли стержень его комплексной программы.
Ученый и коллектив, что называется, были у цели, когда в перестроечный 1988 год по заданию имперского Центра и его сателлитов в Баку нагрянула комиссия в Пиршаги в поисках «жареных» фактов, чтобы свести счеты с братом опального в то время Гейдара Алиева. Как ни старались прислужники, так называемой ударной группы, криминала обнаружить не удалось ни в строительстве фитотронов, ни в работе института земледелия. На основе наспех подготовленной справки коллегия Министерства сельского хозяйства отстранила от должности его директора Асада Мусаева, назначив на его место Спартака Алиева, который не мог отличить семян ячменя от пшеницы. Обрушив шквал клеветнических измышлений на Дж. Алиева сторонники А.Везирова парализовали работу научного коллектива, и молодые специалисты были вынуждены покинуть стены породнившегося института. В качестве обвинения «перестройщики» указали на то, что Дж. Алиев привлекал к работе физиков, химиков, математиков и тем самым нанес «большой вред» биологической науке. На самом деле невежи сами того, не сознавая, выплеснули на улицу