В «Августе в воде» (1995) Исии вернулся в Фукуока. Это фильм о молодёжи и для молодёжи. В городе пропала вода и началась непонятная смертельная эпидемия. Одновременно после несчастного случая на соревнованиях по прыжкам в воду юная спортсменка оказывается в больнице. Когда же она неожиданно быстро выходит из комы, девушка ощущает в себе новые мистические силы и видит своё предназначение в том, чтобы принести себя в жертву и вернуть воду людям. В значительной мере отказавшись от единого сюжета, Исии предпочёл сосредоточиться на аудио-визуальной стороне и представить зрителям образы палящего летнего зноя, виды земли, воды, огня, кадры спортивных прыжков с вышки и юной невинной любви.
Чёрно-белый «Лабиринт снов» (1997) снят в стилистике 1950-х годов, которая и является определяющей для создания чуть грустного, чуть мистического настроения. В автобусной компании появляется новый молчаливый и неприступный с виду водитель. Он сразу же привлекает к себе внимание девушек-кондукторов. Героиня знает, что вполне возможно, он тот самый серийный убийца, о котором её предупредила погибшая подруга, но тем не менее не может устоять перед соблазном романтического приключения и позволяет себе влюбиться. В режиссёрской трактовке водитель может быть, а может и не быть преступником, а гибель под колёсами поезда мола быть как случайной, так и преднамеренной. Здесь Исии впервые пригласил на главную роль идола независимого кино Таданобу Асано, с которым впоследствии будет ещё неоднократно сотрудничать.
Об историческом фильме «Годзё» (2000) Исии начал думать более десятилетия назад, но ему никак не удавалось найти продюсера, пока, наконец, Такэнори Сэнто не согласился финансировать его замысел. К несчастью, первый фильм Исии, снятый с крупным бюджетом, провалился в прокате, так что продюсеру пришлось довольствоваться рынком домашних DVD. Хотя формально Исии пересказывает хорошо знакомую каждому японцу полумифологическую часть истории о борьбе лидеров двух кланов с участием потусторонних сил, режиссёр полностью изменил привычную трактовку так, что плохие стали хорошими и наоборот. Несмотря на множество сражений на мечах, это не столько исторический фильм, сколько костюмная драма в понимании Исии. Вышедшие на первый план в его творчестве в 1990-е годы темы – мистика, метафизика, человек, трактуемый как часть космоса – сочетаются здесь с неудержимой энергией его работ 1980-х.
Финансовую ситуацию не поправил и «Электрический дракон 80.000V» (2001), как минимум потому, что экранного времени в 55 минут слишком мало для широкого проката. Исии вернулся к бешеному панк-стилю ранних лет, сохранив при этом полное пренебрежение к сюжету, свойственное его более поздним работам. В картине нет ни темы, ни истории. Актёры Таданобу Асано и Масатоси Нагасэ изображают супергероев (один получил сверхспособности после удара молнии, другой