• порядок получения головным исполнителем программы информации от видов вооруженных сил, необходимой для идентификации НЛО, в первую очередь данных о проводимых в войсках пусках ракетно-космической техники;
• правила документирования факта обнаружения НЛО в войсках, порядок представления сообщений в зависимости от срочности и важности содержащейся в них информации.
Научным руководителем военного направления работ назначен начальник головного ЦНИИ, крупный специалист в области исследования воздействия радиации и других поражающих факторов на военную технику В.П. Балашов. Непосредственно для выполнения исследований в головном институте МО сформирована небольшая группа из военных и гражданских специалистов, насчитывающая в разные годы от четырех до пяти человек. В состав исполнителей темы включены научно-исследовательские организации МО различных родов войск, а также научные учреждения оборонно-промышленной отрасли, общим числом около 15. Координацию исследований АЯ между Министерством обороны и Академией наук осуществляет полковник Б.А. Соколов, работающий в так называемой Секции прикладных проблем.
Головной организацией от АН СССР определен Институт земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн АН СССР (ИЗМИРАН). Руководителем этого направления исследований назначен директор института, академик В.В. Мигулин. Для непосредственной работы по теме сформирована рабочая группа в составе четырех человек, во главе с Ю.В. Платовым. В состав организаций-исполнителей вошли институты АН, организации Госкомгидромета, Высшей школы. Сбор наблюдательного материала проводится и в других организациях, замкнутых на Академию наук. Степень их участия варьирует от сбора сообщений о наблюдениях НЛО до анализа материала и разработки физических моделей различных классов аномальных явлений. Деньги выделяются из бюджета организаций-исполнителей, целевого финансирования исследований не предусмотрено.
В 1979–1980 годах Отделением общей физики и астрономии Академии наук, Госкомгидрометом и Министерством обороны разосланы методические указания по организации наблюдений аномальных явлений. Сбор и обобщение материалов в системе Госкомгидромета были возложены на Институт прикладной геофизики и Арктический и Антарктический научно-исследовательский институт. Все исследования НЛО сводятся, по существу, лишь к сбору данных о наблюдениях этих объектов и их воздействия на окружающую среду.
В качестве основных версий происхождения НЛО в АН СССР рассматривались следующие:
1. НЛО – это продукт человеческой деятельности, т. е. эти явления имеют антропогенное происхождение.
2. НЛО являются продуктом естественных процессов, происходящих на Земле, в атмосфере