Сразу по прибытии в Порт-Артур, Макаров отдал приказ по эскадре, в котором подробно излагались способы использования радиоприемной аппаратуры кораблей для определения направления на противника. В приказе прямо говорилось, что «беспроволочный телеграф обнаруживает присутствие, а потому теперь же поставить телеграфирование это под контроль».
Верный своему принципу активных действий, Макаров уже 26 февраля выслал в море на разведку два эскадренных миноносца «Стерегущий» и «Решительный», которым по возвращению на базу пришлось вступить в неравный бой с японцами: 4-мя миноносцами и 2-мя крейсерами. В результате «Решительному» удалось пробиться к Порт-Артуру, а «Стерегущий», окружённый противником, геройски погиб. Узнав о тяжёлом положении миноносца, Макаров на быстроходном крейсере «Новик» вместе с крейсером «Баян» бросился на выручку «Стерегущему» и заставил японцев отступить. Однако спасти миноносец он уже не смог. Смелый выход командующего флотом на слабо бронированном лёгком крейсере для выручки погибавшего корабля произвёл сильное впечатление на весь личный состав. В дальнейшем при каждом случае появления японцев в районе Порт-Артура Макаров немедленно выходил со своей эскадрой в море, чего раньше не делалось. Миноносцы днём и ночью регулярно высылались в разведку. На подходах к базе была организована дозорная служба; проведены специальные мероприятия по защите рейда от прорыва миноносцев противника в районах, посещаемых японской эскадрой; были выставлены минные заграждения; корабли проводили практические стрельбы.
Вице-адмирал С. О. Макаров
Макаров впервые организовал в широком масштабе систематическое траление79 фарватеров и рейдов перед выходом эскадры. Ранее этому не придавали особого значения. Переоборудованные Макаровым в специальные тральщики два минных крейсера – «Всадник» и «Гайдамак» – были первыми в мире судами этого типа. Он также разработал таблицу однофлажных боевых сигналов, чем значительно упростил систему сигнализации, составил подробную инструкцию для действий миноносцев, как в разведке, так и в атаке, написал специальную «Инструкцию для управления огнём в бою на ходу» и «Инструкцию для похода и боя».
Большой его заслугой явилась организация перекидной стрельбы с внутреннего рейда через мыс Ляотешань по японским кораблям при их приближении к Порт-Артуру, а также установка дополнительных береговых батарей при входе в гавань. Все эти весьма важные мероприятия проводились под личным руководством вице-адмирала Макарова.
Проведённые мероприятия сразу же дали положительный эффект. Так, уже в начале марта японская эскадра, подошедшая к Порт-Артуру для очередной его бомбардировки,