В 1908–1909 годах выходит труд Николая Михайловича «Императрица Елисавета Алексеевна, супруга императора Александра I» (Т. 1–3. СПб.). Написание биографии Елисаветы Алексеевны было задумано ещё великим князем Сергеем Александровичем, но после его гибели в 1905 г. по просьбе вдовы великой княгини Елизаветы Федоровны Николай Михайлович становится в этом как бы преемником Сергея Александровича. Между тем есть свидетельства того, что и сам Николай Михайлович настойчиво занимался поисками архивных документов, касавшихся Елисаветы Алексеевны, что было естественным следствием его интереса к личности Александра I. Однако названный труд вышел без глав, именуемой «секретной», поскольку в ней освещались интимные стороны жизни императрицы. Запрет был наложен Николаем II. К счастью, сохранилась корректура главы. Уважая фундаментальные знания Николая Михайловича, царь не мог быть уверен в умеренности авторских оценок в публикациях, посвященных членам Императорского Дома, и потому знакомится с ними до их выхода в свет. Николай Михайлович обстоятельно описывает императору подготовку труда об Александре I, определяет задачу своего исследования, дает перечень впервые публикуемых документов. Из письма Николаю II: «Переходя к моей работе, она будет называться «Имп. Александр I. Историческое исследование», прошу заметить, что я не намерен писать и не пишу историю царствования, а шаг за шагом с 1801 по 1825 исследую правителя вообще. Русского Государя и простого смертного. Работа адски трудная и вот почему. Самая тема, избитая Шильдером, Вандалем, Татищевым; масса недомолвок, пробелов; некоторые действия трудно объяснимы, наконец, легко что-либо забыть или пропустить. Надобно все уложить в один том. Приложения будут заняты документами, но все исключительно новые, нигде не помещавшиеся. На этот раз прошу Тебя меня избавить от Твоей цензуры (выделено мной, Е.П.), потому, если что-либо будет подвержено критике в печати как нашей, так и иностранной, то лучше чтобы все пало на мою спину исключительно и не говорили бы, что я писал с Твоего разрешения. Впрочем, я настолько уже привык к Твоей цензуре, что делаю перечень новых документов и того места, где я их откопал». …Великий князь испытывал известное ограничение в своей работе и при сборе документов, допуск к которым определялся царем. «Любезный Николай! – пишет государь. – Посылаю тебе краткую опись пакетов Государственного архива, предоставленную мне в отсутствие Извольского, товарищем его Сазоновым. Как ты увидишь, там не содержится ничего прямо относящегося до интересующего тебя вопроса об Имп. Александре I, Аракчееве и г-же Крюденер. Можешь сохранить эту опись у себя».
<…> Данная в монографии характеристика Александра I лишена фамильного пиетета,