В феврале 1938 года Василия Семеновича Пыжикова арестовали. Обвиняли его, между прочим, в измене Родине (статья 58 – 1а УК РСФСР) и организации и подготовке (ст. 58 – 11) вооруженного восстания (ст. 58 – 2), подрыва государственной промышленности (ст. 58 – 7), теракта (ст. 58 – 8), а также в причинении вреда на транспорте (58 – 9)10. Это были статьи расстрельные, но на этот раз дело закончилось с минимальными последствиями для него: «…по клеветническим материалам [он был] заключен под стражу органами НКВД, где просидел 20 месяцев [в Читинской тюрьме] под следствием и был освобожден за отсутствием состава преступления».
После освобождения Пыжиков был восстановлен в партии с сохранением непрерывного партийного стажа и вернулся на родину, в БССР, где занимал должности заведующего отделом Минского обкома (1939—1940 гг.) и председателя ревизионной комиссии Белкоопсоюза (1940—1941). К началу войны ему исполнилось 47 полных лет, в 1937 году он прошел воинскую аттестацию и в соответствии с занимаемыми постами в партийной иерархии получил звание батальонного комиссара. Согласно Закону СССР «О всеобщей воинской обязанности» политработники такого уровня до пятидесятилетнего возраста числились в первой категории запаса и с началом войны подлежали мобилизации в первую очередь11. Однако, скорее всего по состоянию здоровья Василий Пыжиков не был призван в армию и вплоть до февраля 1942 года проживал в Саратовской области, куда эвакуировался в июне 1941 года из Минска вместе с семьей (жена Лодзята Александра Игнатьевна и дочь Пыжикова Нина Васильевна, 1929 года рождения). Все это время Василий Семенович занимал скромную должность пропагандиста в Воскресенском райкоме партии12.
Деятельная натура Василия Пыжикова, конечно, не могла смириться со столь рутинным для него делом и он предпринял ряд шагов по партийной линии, пока не был востребован в феврале 1942 года Минским обкомом, а затем и ЦК КП (б) Б в качестве партизанского командира – считалось, что он имеет в этом деле богатый опыт времен