Состояние церковного суда, этапы его реформирования и формы деятельности рассматривались также в вышеупомянутых трудах по истории Церкви начиная с момента ее образования и до начала XX в.
Церковное судопроизводство конца XV – первой половины XVII в. во многом было сходно с гражданским и уголовным процессом, применяемым в светских судах в этот период. Как отмечал историк Церкви митрополит Макарий (Булгаков), «иначе и не могло быть по той живой связи, какая всегда существовала у нас между Церковью и государством, и при том неизбежном влиянии, какое они взаимно оказывали друг на друга»[147]. По этой причине история Церкви изучается в сопряжении с историей государства, особенно если это касается средневекового периода развития обоих этих институтов, когда их взаимосвязи переплетались согласно формуле «симфония властей»[148]. Историки Церкви исследовали взаимоотношения Церкви и государства в различных сферах, в том числе в области правосудия, в сопоставлении норм церковного суда и процесса с нормами и процессом гражданского (светского) правосудия.
В трудах по истории Церкви при рассмотрении церковного правосудия XV–XVII вв., как правило, выделялись три церковные судебные инстанции, существовавшие в системе Русской православной церкви: первая – десятинная, или уездная, в лице архимандритов, «десятинников-закащиков», духовных дел управителей и духовных правлений, вторая – епархиальная в лице епископов, при которых со времен Стоглавого собора действовали суды, состоявшие из архимандритов, игуменов и суда из архиерейских бояр, в XVII в. преобразованы в приказы; третья инстанция – в лице митрополита, позднее – патриарха с Собором или без Собора епископов[149].
Источники канонического и церковного права, принятые непосредственно в Московском государстве, относятся уже ко времени автокефального состояния русской Церкви, установившегося в период великого княжения Василия III (1505–1533). Началом автокефалии считается избрание Рязанского епископа Ионы митрополитом всея Руси Собором русских епископов, без благословения константинопольского патриархата.
Важным нормативным актом XVI в., во многом определявшим всю систему церковного правосудия, были решения церковного Собора, названного Стоглавым (1551) по числу глав, на которые был разбит принятый этим Собором документ, представлявший собрание норм канонического права, которыми должна была руководствоваться в своей деятельности вся церковная организация, в том числе и суды, входившее в ее систему. В подготовке и принятии решений Стоглава активное участие принимали царь Иван IV и митрополит всея Руси Макарий (1542–1563).
Н. С. Суворов предполагает, что зачитанные Иваном IV на Соборе вопросы и составленные на них ответы были подготовлены в Избранной раде близким окружением царя, в состав которого входили: митрополит Макарий, священник Благовещенского собора Московского Кремля Сильвестр, постельничий и член Избранной рады