Начиная с первых опытов научной рациональности до сегодняшнего дня складывается развитая понятийно-категориальная система (или понятийно-категориальный аппарат), объединяющая большое количество категорий, специфических понятий, а также понятий, приобретающих специфический смысл в структуре научного знания.
Наиболее общие из них являются также и категориями философии, в том числе такие, как сущность и явление, закономерность и случайность, возможность и действительность, форма и содержание, причина и следствие, количество и качество, а также развитие, эволюция, революция, прогресс, регресс, пространство и время и многие другие.
Среди них давно и широко известные так называемые парные категории и другие. Не менее важны категории, отражающие изменчивость действительности, ее «текучий» характер. Категории «единичное, единое, различное, особенное, общее, всеобщее» позволяют представить мир и как нечто непрерывное, проявление одной и той же субстанции, и, одновременно, как состоящее из множества сущностей, систем, предметов, процессов, явлений. Особое место занимают категории, представляющие всеобщую систему координат, дающие возможность различать большое и малое, далекое и близкое, прошлое, настоящее и будущее (которые в свою очередь также могут выступать в роли категорий). Все категории и понятия философии связаны в единую логично выстроенную систему.
Характерной особенностью науки является высокая степень обоснованности выводов, полученных в рамках научных исследований эмпирики. В интересах надежной аргументации своих выводов ученые стремятся максимально избежать спекуляций в своих рассуждениях, большое значение придают точным вычислениям и математической составляющей теорий и их компонентов, а также предпочитают подтверждать полученные выводы экспериментальным путем.
Иначе решают проблему обоснования философия и религия. Тем не менее взаимодействие науки с философией и с религией имеет большое значение как для участников этих взаимодействий, так и для общества в целом.
Философия в значительной мере тоже стремится к обоснованности выдвигаемых тезисов, концепций, однако в силу широты философского знания и специфики философского мышления нередко ограничивается лишь обеспечением логической непротиворечивости собственных выводов и утверждений. Философы не пренебрегают научным опытом, основанном на практике, на развитой экспериментальной базе, но, во-первых, далеко не всегда такой опыт в рамках философских исследований возможен, а, во-вторых, некоторые концепции и вовсе стоят на иррационалистический позициях (волюнтаризм, философия жизни, экзистенциализм и др.).
Религия в еще большей степени тяготеет к иррационализму и даже к мистицизму. Религиозные мыслители считают в некоторых случаях иррациональность и нелогичность более подходящей в системе своих доказательств (как Тертулиан с его