В то же время и практика, установленная такими правилами, оказывается, в свою очередь, не неизменной. В истории постоянно повторяются случаи исключения из правил. Это потому, что правила Церкви – не догматические определения о предметах веры, раз и навсегда решившие вопрос, и не действуют автоматически. Они преподаны прежде всего к руководству церковного суда, и, следовательно, всякий случай их применения предполагает особое решение этого суда. В частности, отмечая недействительность рукоположения при тех или иных условиях, правила говорят лишь о праве церковного суда признать эти рукоположения недействительными. Это значит, что в случае нужды, во внимание к обстоятельствам данного дела или просто из соображений церковной икономии суд может остановить свой карающий меч и оставить данное рукоположение в силе. В истории Церкви известны случаи, когда православные епископы, вынуждаемые к тому чрезвычайными обстоятельствами или чрезвычайностью злоупотреблений, творили суд и расправу за пределами своей области, низлагали одних епископов и клириков, поставляли других. Однако в церковном сознании такие выступления находили оправдание и оставались в силе (например, действия святителя Иоанна Златоуста и другие).
Однако, делая подобные изъятия из правил, Церковь никогда не создает этим прецедента на будущее время и никому не дает права оправдывать нарушения правил ссылками на этот прецедент. Церковная икономия не отменяет и даже не ослабляет силу канона. Она имеет в виду лишь данный частный случай с его индивидуальной, неповторяемой природой и им ограничивает свое действие. Для всех же остается обязательным канон, по строгости которого церковный суд и может покарать виновного, если не имеет побуждений применить принцип икономии.
Приблизительно по этой же схеме построены и отношения Церкви к инославным обществам. Существенная разница только в том, что в области суда Церкви приходится иметь дело с отдельными нарушителями церковных правил, а здесь – с целыми группами таких нарушителей, более или менее организованными, объединенными каждая каким-нибудь особым отступлением. Суждение об отдельном представителе группы здесь неизбежно зависит