В 1788 году несколько жертвователей выразили тревогу по поводу того, что «Приют превратился из общественного благотворительного учреждения в отель для приема лиц с определенным общественным положением», и при доминирующем положении врача над попечителями. Они также возражали против системы взимания с приходов полной платы за ремонт и содержание, одновременно снижая плату для неимущих пациентов, не получающих в приходе пособие по бедности, в результате чего в доме находились всего лишь шесть приходских бедняков. На этот упрек Хантер ответил, что «если платежи от приходских бедняков уменьшатся… дом незамедлительно и чрезвычайно удручающе заполнится ничтожнейшими из ничтожных и презреннейшими из презренных».
В 1791 году произошел прискорбный случай, который хотя и был «по всей видимости самым заурядным, …тем не менее оказался достаточно примечательным по последующему за ним событию. …В Приют поместили женщину из Общества Друзей; поскольку семья ее проживала в значительном отдалении, они обратились с просьбой к знакомым навестить ее. В этих посещениях… им было отказано на том основании, что пациентка была не в подходящем состоянии, чтобы встречаться с незнакомцами – и через несколько недель после поступления смерть положила конец ее страданиям. Это… впервые натолкнуло квакеров на мысль об уместности попытки создать заведение для лиц из своего общества». Тогда же последовала еще одна попытка инициировать расследование, что привело только к дальнейшему усилению владычества Хантера.
В декабре 1804 года Хантер взял в ученики Чарльза Беста, которому предстояло стать его преемником и в Приюте, и в частной практике. Хантер начал учить его следовать своему примеру и даже раскрыл секреты «способов приготовления разных лекарств,