С июля 1940 г. по май 1941 г. органами НКВД в Литве было ликвидировано 75 националистических формирований454. В середине июня 1941 г., перед самым началом войны, в Прибалтике были осуществлены депортации «антисоветски настроенных лиц», в число которых были включены бывшие государственные служащие независимых Литвы, Латвии и Эстонии, члены политических партий, националисты, фабриканты и купцы, русские эмигранты, уголовные элементы. В Литве было арестовано 5664 и депортировано 10 187 человек, в Латвии – 5625 и 9546 человек, в Эстонии – 3173 и 5978 человек соответственно455. В то же время следует подчеркнуть, что советские репрессии в Прибалтике носили классовый, а не национальный характер456. Кроме того, в Эстонии среди просоветски настроенной части населения бытовало мнение, что сохранению в республике «антисоветских кадров» способствовали как мирное присоединение Прибалтики к Советскому Союзу (не было гражданской войны), так и спешность проведения депортации в июне 1941 г., в результате чего многим «антисоветским элементам» удалось ее избежать457.
«Германский фактор», который в Литве, Латвии и Эстонии всегда имел большую значимость, усилился в предвоенный период. Нацистская Германия рассматривала Прибалтику в качестве плацдарма для экспансии. Этническая территория литовцев, латышей и эстонцев должна была войти в состав немецкого «жизненного пространства», а сами прибалтийские народы подвергнуться «германизации»458. Руководство Третьего рейха готовило для этого политическую почву. В июле 1937 г. советская разведка сообщала, что «немцы принимают все меры к тому, чтобы глубже внедриться в Эстонию», «начальник эстонского Генштаба генерал Реек и министр торговли Сольтер после своих недавних поездок в Германию вернулись… с явно германофильскими настроениями», и сам президент Эстонии К. Пяте «весьма дружелюбно настроен к Германии, хотя открыто свои настроения высказывать не решается»459.
Советская пресса в 1938 г. вполне обоснованно поднимала вопрос о «происках германского фашизма в Прибалтике», которая занимает видное место «в планах подготовки “большой войны” германским фашизмом и захвата территорий на Востоке». Утверждалось, что «среди трудящихся масс Прибалтийских стран, в памяти которых еще не изгладились воспоминания об оккупационном режиме германской военщины и баронов,