Другой причиной, заставившей советское руководство проводить более осмотрительную политику в отношении религии, стало присоединение к СССР в 1939–1940 гг. Западной Украины, Западной Белоруссии, Прибалтики, Бессарабии и Северной Буковины, 23 млн человек населения которых не испытало воздействия атеистической пропаганды. Утверждения советской пропаганды, что на Западной Украине и в Западной Белоруссии «вражда к попам и ксендзам была в народе очень сильна», а после вхождения этих территорий в состав СССР «многие трудящиеся открыто порывают с церковью и религией»337, не соответствовали действительности. Руководство Советского Союза, располагая действительными данными о религиозности населения новых территорий, обратило внимание на Русскую православную церковь как на потенциального союзника в советизации этих земель338. Важность использования потенциала РПЦ была высокой, ввиду распространенных на вновь вошедших в состав СССР территориях слухах о грядущих гонениях на религию339. Власти рассчитывали, что РПЦ сможет передать священнослужителям присоединенных регионов опыт религиозной деятельности в условиях советского общественного строя. Хотя иерархи церкви, окормлявшие паству на новых территориях, – митрополит Николай (Ярушевич) и архиепископ Сергий (Воскресенский) – иногда рассматривались местным населением как «агенты ЧК»340, что мешало укреплению их авторитета, власть пыталась опираться на РПЦ, в связи с чем не осуществляла на вновь присоединенных территориях антирелигиозные гонения341.
Цель опоры на РПЦ на вновь присоединенных к СССР территориях заключалась также в «нейтрализации» потенциальной антисоветской активности других конфессий. Особую проблему для властей представляла связанная с Ватиканом Украинская греко-католическая церковь (УГКЦ), приверженцами которой были около 50 процентов населения Западной Украины342. Поэтому советская пропаганда содержала антиуниатские посылы343, в том числе