Вторая половина XIX в. в политике России в Центральной Азии ознаменовалась усилением российско-китайских контактов. Они возникли и развивались со второй половины XVIII столетия, когда Цинская империя, сокрушив в почти вековой борьбе Джунгарское ханство и захватив Восточный Туркестан (Синьцзян), вышла на рубежи Южной Сибири, территории нынешних Казахстана и Кыргызстана. В середине XIX в. настойчивое стремление России узаконить торговые взаимоотношения с Цинской империей в Центральной Азии привело к заключению Кульджинского договора в 1851 г., положившего начало официальным политическим и торговым связям России и Китая в этом регионе. Русско-китайскому разграничению в Центральной Азии был посвящен Пекинский договор, заключенный русским посланником Н. П. Игнатьевым с цинским правительством в ноябре 1860 г. в дополнение к Айгунскому и Тяньцзиньскому договорам 1858 г. Граница должна была быть определена от оконечности Западных Саян до Памира. Продолжением и развитием Пекинского договора стал Чугучакский договор от 25 сентября 1864 г., делимитировавший российско-китайскую границу в Центральной Азии.
В 1862 г. в китайской провинции Шэньси началось восстание дунган-мусульман. В 1864 г. антиманьчжурское и антикитайское движение достигло Синьцзяна. Осенью 1864 г. восстание охватило пограничные с Россией Илийский и Тарбагатайский округа. В ноябре 1864 г. повстанцы заняли центр Илийского округа – город Кульджу. Наместник-цзяньцзюнь Мин Сюй с гарнизоном заперся в цитадели и отправил своих представителей в Россию к начальнику Алатавского округа генерал-майору Г. А. Колпаковскому с просьбой об оказании военной поддержки. 19 декабря 1864 г. в Петербурге состоялось совещание министра иностранных дел
А. М. Горчакова и военного министра Д. А. Милютина, которые выступили против вмешательства России в события в Синьцзяне. Колпаковскому было дано указание усилить охрану границы, а Мин Сюю было сообщено, что Россия не может оказать ему помощь без официальной просьбы со стороны цинского двора. В то же время российскому посланнику в Пекине А. Е. Влангали было дано указание предпринять все меры к тому, чтобы цинское правительство не обратилось к России с просьбой о военной помощи в Синьцзяне. Основными мотивами такой позиции Петербурга были опасения за стабильность в пограничных с Синьцзяном российских районах компактного проживания мусульман, риск потерять экономическое влияние в Синьцзяне в случае укрепления там мусульманской государственности, а также нежелание вероятного обострения взаимоотношений с главным соперником в Центральной Азии – Великобританией.
3 марта 1866 г. восставшие дунгане и таранчи (уйгуры) захватили цитадель Кульджи. Тем самым пал последний бастион Цинов в Синьцзяне. Цзяньцзюнь Мин Сюй взорвал дворец и вместе со своей семьей и остатками гарнизона погиб.
В результате победы антицинского