В 1900 году П. А. Флоренский поступил на физико-математический факультет Московского университета по отделению чистой математики. В университете наибольшее влияние на него оказали лекции профессора Н. В. Бугаева о прерывности. «Мои занятия математикой и физикой, – писал священник Павел Флоренский, – привели меня к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания (идея прерывности, теория функций, числа). Философски же и исторически я убедился, что говорить можно не о религиях, а о религии, что она есть неотъемлемая принадлежность человечества, хотя и принимает бесчисленные формы». На историко-филологическом факультете П. А. Флоренский слушал лекции профессоров С. Н. Трубецкого и Л. М. Лопатина и занимался в семинарах, руководимых ими. Кандидатское сочинение П. А. Флоренский писал на самостоятельно намеченную тему: «Об особенностях плоских кривых как местах нарушений прерывности». Это сочинение он предполагал сделать частью большой работы общефилософского характера «Прерывность как элемент мировоззрения». В 1904 году П. А. Флоренский окончил университет с дипломом I степени. Несмотря на предложение H. E. Жуковского и Л. К. Лахтина остаться в университете на кафедре математики, П. А. Флоренский 4 сентября 1904 года поступил в Московскую Духовную академию.
К этому шагу его склонил духовник, епископ Антоний (Флоренсов), к которому П. А. Флоренский в начале марта 1904 года пришел просить монашество вместе с А. Белым[7]. Духовное возрастание П. А. Флоренского во время учебы в Академии с 1904 по 1908 год происходило также под руководством старца Гефсиманского скита, иеромонаха аввы Исидора (Грузинского; † 3 февраля 1908)[8].
В Московской Духовной академии П. А. Флоренский занимался богословскими и церковно-историческими предметами, а также символической логикой, теорией познания, историей философского религиозного мировоззрения, археологией, еврейским языком, организовал философский кружок, в котором прочел ряд докладов.
Курс Московской Духовной академии П. А. Флоренский окончил первым. Кандидатское сочинение П. А. Флоренского «О религиозной Истине» легло в основу магистерской диссертации «О духовной Истине» (М., 1912), защищенной 19 мая 1914 года и книги «Столп и утверждение Истины» (М., 1914). 23 сентября 1908 года после прочтения двух пробных лекций[9] П. А. Флоренский был утвержден исправляющим должность доцента Московской Духовной академии по кафедре истории философии (впоследствии названной им кафедрой истории мировоззрений).
За время преподавания в Московской Духовной академии (1908–1919) священник Павел Флоренский создал ряд оригинальных курсов по истории античной философии, философии культа, кантовской проблематике. Оценивая вклад священника Павла Флоренского в изучение платонизма, один из лучших знатоков