«Рукопись Филарета» является одним из черновых вариантов летописи, над которой работали при патриаршем дворе в конце 1620-х гг. В «Рукописи» описан период от начала царствования Шуйского до воцарения Михаила Романова, т. е. 1606–1613 гг. «Рукопись» – одно из немногих произведений, написанных после низложения Шуйского, где его восхваляют. Утверждается, что князь Василий взошел на престол по единодушному желанию народа. Он благочестив, мудр, храбр и не любит проливать христианскую кровь. Его свержение произошло из-за измены бояр, предательства наёмников и распущенности народа. Подобная апология, скорее всего, заимствована из недошедшей до нас летописи Гермогена, ведь Гермоген, возведенный на патриаршество Шуйским, был его сторонником. Взгляды составителей черновика, очевидно, не удовлетворили патриарха Филарета; поддержку получила версия событий, известная как «Новый летописец».
«Книга глаголемая новый летописец», обычно именуемая «Новый летописец», была завершена к 1630 г. и после одобрения Филаретом стала официальной летописью династии Романовых. «Новый летописец» был составлен в результате совместной работы дьяков Посольского приказа и патриаршего штата. Текст летописца, содержащий 431 главу, представляет компиляцию из летописей, повестей и документов и охватывает период с 1584 по 1630 г. «Новый летописец» писался с целью обосновать право Романовых на царский престол. Лишь Романовы, «племя и сродство царское», могут быть наследниками «благочестиваго корени» московских царей. После смерти Фёдора Ивановича и до воцарения Михаила Романова не было на престоле по-настоящему законных царей. Годунов показан готовым на все честолюбцем. Он дважды организует заговор, чтобы убить царевича Дмитрия. Став царем, Борис жестоко преследует родственников Фёдора – Романовых. Страдания опальных Романовых описаны в подробностях, позволяющих предположить участие в их описании самого Филарета.
Составитель летописи не симпатизирует и Василию Шуйскому, отмечает сокрытие им убийства царевича Дмитрия и незаконное избрание на царство. Но он не склонен чрезмерно обвинять царя Василия. Василий не виновен в отравлении Скопина-Шуйского. Сведение Василия с царства показано как измена. Из духовенства восхваляется патриарх Гермоген и митрополит Филарет. Оба непреклонные борцы за Веру и Отчизну. Филарет готов скорее остаться в плену, чем согласиться на уступку полякам российских земель. Народ понимает, что только племянник царя Фёдора и сын великого рода боярина Фёдора Никитича Романова (Филарета) достоин Московского государства. Об избрании Михаила на престол и Филарета на патриаршество молила вся Русская земля.
Истинные