По инициативе А.П. Богданова был создан Московский зоопарк, «живой музей под открытым небом», как он сам его называл. Московский зоопарк – первый зоопарк России – открылся для посетителей в 1864 г. С тех пор через ворота Московского зоопарка (а вход в него и сейчас располагается на том самом месте, где он был и в 1864 г.) прошли уже десятки миллионов посетителей. Менялся социальный строй, идеология, расширялись и сокращались границы страны, да и сама страна меняла свое название, а Московский зоопарк остается любимым местом познавательного отдыха для миллионов взрослых и детей и лучшим памятником его основателю – профессору А.П. Богданову.
А.П. Богданов много занимался антропологией. Вот названия некоторых его антропологических работ: «Меряне в антропологическом отношении» (1879), «О могилах Скифосарматской эпохи в Полтавской губернии и о краниологии скифов» (1880), «Черепа и кости людей каменного века» (1881). Вместе с К. Бэром А.П. Богданов считается одним из основателей российской антропологии.
Особой заботой А.П. Богданова было развитие российских биологических станций. В речи на Международном зоологическом конгрессе в 1892 г. А.П. Богданов произнес такие слова: «Между научными проблемами, весьма серьезными и важными, разрешение которых обеспечило бы нормальное развитие зоологии и дальнейшие успехи русских зоологов, первое место занимает вопрос о морских и речных станциях, их умножении и развитии». По инициативе А.П. Богданова один из его ближайших учеников Н.Ю. Зограф организовал в 1891 г. небольшую гидробиологическую станцию на Глубоком озере на западе Подмосковья. Впоследствии на ней работали многие выдающиеся зоологи и гидробиологи. Биостанция на Глубоком озере существует до сих пор – это одна из старейших биологических станций России. В настоящее время она принадлежит Институту проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, но почти весь штат лаборатории, которая работает на станции, состоит