С приходом к власти фашистов и нацистов положение госпитальеров в Италии и Германии оказалось различным. В Германии в 1934 году в силу того, что нацисты рассматривали мальтийских рыцарей как соперников и относились к ним с подозрением, Г. Геринг поставил вопрос о запрещении ордена. Однако в итоге всё ограничилось
Декретом Р. Гесса в 1938 году о недопустимости двойного членства в партии и ордене. Многие госпитальеры, чтобы избежать членства в партии, поступили на службу в Вермахт; среди них было немало высших офицеров и генералов. Другие вошли в партию, но продолжали тайно платить взносы в орденскую кассу. Всего в Вермахте служило около 2 тысяч госпитальеров[100]. С началом войны положение ордена осложнилось, и аристократические семьи оказались расколоты, так как надо было поступать либо в соответствии с вековыми представлениями о воинской чести, либо – исходя из идеи патриотизма. В 1941 году из рядов германских вооружённых сил были уволены все главные члены бывших правящих родов Германии, а военнослужащим, даже не являвшимся членами НСДАП, было запрещено носить на мундирах знаки ордена. Однако орден продолжал выполнять свойственную ему миссию.
В Италии же после подписания Латеранских соглашений отношения с властью были нормализованы, орден активно занимался своей деятельностью, а великий магистр избирался из числа итальянцев. В 1930 году орден установил дипломатические отношения со Св. Престолом, при посредстве которого во время войны итальянские рыцари могли поддерживать связи с американской ветвью ордена (см. ниже), а в конце войны – сотрудничать с американскими спецслужбами.
А.Павелич в окружении францисканских монахов
Когда началась военная экспансия нацистской Германии на Восток, Св. Престол, как и в годы Первой мировой войны, связал с ней большие надежды на осуществление окатоличивания восточных славян и восстановление своих позиций на западной территории Советской России. Св. Престол открыто поддерживал профашистские режимы, установленные в Восточной Европе, особое покровительство оказывая усташам и Анте Павеличу, главе Независимого Государства Хорватии (НГХ), созданного