С началом Второй мировой войны университет закрывается, и Виталий Боровой возвращается на родину в Белоруссию, где с 1941 года оказывается в центре всех событий, связанных с устроением церковной жизни на оккупированной немцами территории. В 1942 году он становится личным секретарём Белорусского митрополита Пантелеймона (Рожновского). Из архивных источников известно, что в этот период он также преподаёт историю на богословско-пастырских курсах, открытых в условиях оккупации. Этот краткий опыт подготовки священнослужителей оказался важным в его судьбе, так как впоследствии ему будет поручено возглавить организацию богословских курсов в Жировицах, которые затем будут преобразованы в Минскую духовную семинарию. Рукоположен Виталий Боровой был в ноябре 1944 года и указом архиепископа Минского Василия (Ратмирова) был назначен настоятелем Петропавловского собора города Гомеля. В этот период раскрывается его проповеднический и пастырский дар. Отец Виталий вспоминал, что научился проповедовать на своём первом приходе. Он говорил так: «Выхожу на амвон и вижу – два человека в храме. Ну, я двум и проповедую». Отец Виталий всегда считал культурное и богословское невежество губительным для христианской церкви, поэтому уже на своём первом приходе он проводил и внебогослужебные беседы с прихожанами. Он считал дело просвещения своей паствы чрезвычайно важным и актуальным.
Краткий период своего служения в Гомеле о. Виталий впоследствии называл самым счастливым и радостным временем в своей жизни. Но уже в 1945 году он получает новое назначение на должность инспектора богословско-пастырских курсов, которые должны были открыться на территории Жировицкого монастыря. Уже в 1947 году эти курсы были преобразованы в Минскую Духовную семинарию. Отец Виталий становится секретарём правления семинарии. Одновременно он совмещает должности преподавателя церковной истории, библиотекаря. Интересно, что основной фонд библиотеки собирал он сам, разъезжая по разным городам и скупая частные коллекции. Он сам выдавал книги, советовал студентам, что стоит прочесть. Отец Виталий был одним из самых любимых преподавателей семинарии, который, по воспоминаниям людей, учившихся у него, оказал неизмеримое влияние на всю духовную жизнь семинарии, на весь её строй и уклад, на каждого ученика. Отец Виталий уделял большое внимание получению студентами духовного образования, его завершённости и качеству. Он любил цитировать В. В. Болотова, который говорил, что самый страшный и опасный для церкви человек – это внешне благочестивый, но внутри полный лицемерия невежда, который утверждает в угоду своему невежеству: