Вторая группа причин кризиса цивилизации майя классического периода связывает коллапс с бесконечными войнами и/или внешним вторжением. Войны в Мезоамерике во многом носили элитный и ритуальный характер. Однако с ростом численности аристократии и усилением конкуренции внутри высших слоёв знати частота и масштабы военных конфликтов неуклонно нарастали. Это можно чётко отследить по текстам из южных низменностей. Вероятно, постоянные нападения привели к опустошению больших территорий. В городах южных низменностей найдены укрепления, построенные из блоков, взятых из разобранных стен дворцов и храмов. То есть для самосохранения отчаявшиеся люди решились посягнуть даже на священные почитаемые сооружения. То же самое имело место и на полуострове Юкатан. В городе Эк-Балам обнаружено кольцо стен, возведённое на территории центральных площадей. В отличие от основных городских укреплений, оно было построено на скорую руку из камней, взятых из других зданий.
Если внутренние столкновения между царями майя могли только пошатнуть, но не уничтожить цивилизацию, то внешнее вторжение на истерзанную войной землю, возможно, довершило катастрофу. В IX–X веках в некоторых регионах майя происходит смена типа керамики, появляются новые иконографические черты на монументах, в частности, изображения людей с необычными для майя причёсками и в нехарактерных для региона костюмах. В надписях имеются упоминания о пришествии чужеземного кало’мте и имена правителей немайяского происхождения. Однако чётких признаков масштабного иноземного влияния не получено. Даже популярная некогда теория о тольтекском завоевании Чичен-Ицы или Майяпана в настоящее время подвергается сомнению. Однако возможно, что некоторые иноземные отряды смогли вмешаться в войны царей майя, извлечь для себя выгоду и закрепиться на новых землях.
По мере появления новых научных данных всё более ясным становится, что кризис цивилизации классического периода не может быть объяснён какой-то одной причиной. Скорее всего, имело место сочетание целого ряда роковых факторов. Причём в разных частях мира майя коллапс наступил в разное время, он имел разную скорость