В апреле и мае 1992 года оппозиционные силы, которые преимущественно состояли из жителей бедных районов Душанбе и Курган-Тюбе, устроили акцию протеста на душанбинской площади «Шахидан». Они требовали проведения повторных многопартийных выборов, принятия новой конституции, отставки прокурора республики и руководителей Комитета по радио- и телевещанию, разоружения президентской гвардии, отставки коммунистического парламента и, особенно, спикера Кенджаева. В это время правительство организовало аналогичную демонстрацию в ответ и привезло автобусами своих сторонников из Куляба и Худжанда на площадь «Озоди» с целью защиты конституционного строя. После создания президентом защитных подразделений в Кулябе и раздачи на руки 1800 единиц огнестрельного оружия эскалация конфликта стала неизбежной.
После провала переговоров о формировании правительства национального примирения на юге республики разгорелась ожесточенная война. Неспособность режима контролировать ситуацию и давление оппозиции 7 сентября 1992 года привели к отставке Набиева. После этого Искандаров, избранный в апреле месяце того же года вместо Кенджаева на пост Председателя Шурой Оли (Верховного Совета), взял на себя обязанности президента страны. Путем избрания на пост премьер-министра Абдул-ладжанова, который был выходцем из Худжанда, он пытался установить перемирие между Худжандом и центральной властью. В начале ноября 1992 года главы центральноазиатских республик собрались для поиска путей нормализации ситуации в городе Алма-Ата. А 16 ноября 1992 года парламент республики (Маджлиси Оли) избрал Эмомали Рахмонова (Рахмона) своим председателем и исполняющим обязанности президента страны. Сессия парламента наряду с прекращением экономической блокады города Душанбе приняла дополнительные меры по прекращению преследования руководителей политических партий.
Таким образом, внутренняя война в Таджикистане, которую сами таджики называют «гражданской войной», особенно усилилась в 1992–1993 годах, в течение которых наряду с борьбой за власть враждующие стороны боролись за получение ценных экономических ресурсов, таких как хлопок и алюминий, а также за сбыт наркотических веществ. Эта борьба все больше угрожала безопасности региона, что диктовало необходимость мирных переговоров, которые начались в апреле 1994 года в России под контролем Организации Объединенных Наций и при эффективном сотрудничестве Исламской Республики Иран. Хотя Тегеран и Москва приложили много усилий для достижения мира, важнейшую роль для прекращения войны в Таджикистане играли желание и воля противоборствующих сторон и прямые переговоры между Рахмоновым и Саидом Абдулло Нури. Затем переговоры между двумя таджикскими лидерами были возобновлены в Кабуле, а после и в Тегеране. Переговоры шли снова и снова, в итоге война, которая продолжалась пять лет, унесла жизни пятидесяти тысяч людей, сделала беженцами более миллиона человек, наконец завершилась [64]: между Эмомали Рахмоном, президентом