Петр Иванович с достоинством поклонился:
– Трудясь над историей, я меньше всего думал о советах начальства, ибо история существует сама по себе, и никакой Аттила не сделает ее лучше, ежели она плохая…
5 октября 1773 года Емельян Пугачев, подступив под стены Оренбурга, замкнул город в кольце осады. Окрестные фортеции и деревни были выжжены, все офицеры в гарнизонах перевешаны, ни один обоз с провиантом не мог пробиться к осажденным, и, как писал А.С. Пушкин, «положение Оренбурга становилось ужасным… Лошадей давно уже кормили хворостом. Большая часть их пала… Произошли болезни. Ропот становился громче. Опасались мятежа». Рычков с семьей остался в осажденном городе, день ото дня ожидая, что ворота будут взломаны восставшими. Голод взвинтил базарные цены. Гусь шел за рубль, за соленый огурец просили гривенник, а фунт паюсной икры стоил 90 копеек. Конечно, при таких бешеных ценах неимущие шатались от голода. Петр Иванович вел летопись осады и, дабы помочь голодающим, делал опыты по выварке кож, искал способы замены хлеба суррогатом. Он еще не знал о гибели сына-офицера, но выведал другое: «Село мое Спасское и еще две деревни… злодеями совсем разорены… Пуще всего я сожалею об моей библиотеке, коя от злодеев сожжена и разорена». Только весною 1774 года с Оренбурга была снята осада, и Петр Иванович отъехал в Симбирск, где повидал сидящего на цепи Пугачева:
– За что ж ты, вор, моего сыночка сгубил?
Рычков стал плакать. Пугачев тоже заплакал. Об этом Петр Иванович тоже не забыл помянуть в «летописи», признавая, что «нашел я в нем (в Пугачеве) самого отважного и предприимчивого казака…». Но поездка Рычкова в Симбирск вызвала очередной скандал с оренбургским губернатором Рейнсдорпом:
– Вы зачем таскались туда без моего понуждения?
– Меня звал в Симбирск граф Панин, чтобы я изложил «экстракцию» о событиях в Оренбурге во время осады.
– Почему об осаде Оренбурга не меня, губернатора, а вас, моего чиновника, сиятельный граф изволил спрашивать?
– Значит, – отвечал Рычков, – историкам и писателям больше доверия, нежели персонам вышестоящим…
Петр Иванович отказал Рейнсдорпу в цензуровании своей рукописи «Осада Оренбурга», не пожелал восхвалять деяния начальников, как не стал порочить и восставших. Советский историк Ф.Н. Мильков писал: «Рычков отличался большой принципиальностью в научной работе. Он не побоялся пойти на открытый конфликт с губернатором, только чтобы в своих исторических сочинениях не искажать действительности, не подправлять ее в интересах бездарной администрации…» Рейнсдорп клеветал на него Петербургу: «Для меня его хартия (история осады Оренбурга) до сих пор остается тайной, из чего я с уверенностью вывожу, что он, по своему обыкновению,