Затем Голиков служил в гвардейском экипаже и несколько лет был флаг-офицером в плаваниях на императорских яхтах. Интеллигентный, грамотный и умный лейтенант пришелся по душе императору Александру Третьему, и тот всегда с удовольствием брал его с собой в море. Именно тогда будущий командир «Потемкина» достаточно близко познакомился и с будущим императором Николаем, который относился к флаг-офицеру с большим уважением и запросто называл его Женей. В 1883 году Голиков был на коронации Александра Третьего в Москве, что являлось большим доверием со стороны царствующей семьи. Однако придворная служба не удовлетворяла боевого офицера, и в 1885 году он переводится на Черноморский флот старшим офицером на канонерскую лодку «Уралец». А затем началось многолетнее командование Голикова различными кораблями и судами: транспорт «Псезуапе» и шхуна «Гонец», броненосец береговой обороны «Новгород» и судно «Эриклик», канонерская лодка «Уралец» и транспорт «Березань». При этом Голиков являлся признанным знатоком парусного спорта и в 1888 году стал инициатором создания яхт-клуба в Николаеве.
В 1903 году Голиков получил назначение на достраивающийся эскадренный броненосец «Князь Потемкин-Таврический». С началом Русско-японской войны вице-адмирал Макаров запросил Морское министерство прислать Голикова к нему в Порт-Артур (кроме Голикова он просил прислать к нему капитана 1-го ранга Миклуху и нескольких других офицеров, которых лично знал по боевым делам в турецкую войну). Однако капитан 1-го ранга Голиков был оставлен