В юго-восточной части владения показана домовая церковь Знамения Пресвятой Богородицы. При ней были два придела: во имя Благовещения Богоматери и во имя Никиты исповедника Мидикийского, который считался покровителем Никиты Романовича. Въезд во двор был с примыкающих переулков. На плане хорошо видны ворота со стороны Кремля. Это парадный въезд. Был еще вход в усадьбу с другой стороны – южной, для дворни.
Планировка двора позволяла хозяевам жить в городе так же, как в вотчине – ни в чем не нуждаясь. На территории двора было много хозяйственных построек, без которых не могла обойтись ни одна городская усадьба: сараи, амбары, конюшня, баня, кузница, поварня, сушило, ледник, а также людские избы, в которых жила дворня. В подвалах дома хранилась казна и хозяйственные припасы. В среднем этаже, подклете, была кухня, или «поварня». Второй этаж, «жилье» или «непокоевые палаты» – каменная часть дома. Здесь долго не находились, то есть, не спали, не отдыхали, а проводили какое-то время. Следующий этаж, деревянный, назывался «покоевые палаты». Там были спальни, комнаты для долгого присутствия.
История двора в Зарядье и дома, которые сегодня занимает наш музей, тесно переплетается с судьбой нескольких поколений его владельцев – Юрьевых-Романовых. Он сохранил историю заговора бояр Романовых против Бориса Годунова; историю жизни Федора Никитича Романова, он же Филарет, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси. Он был одним из участников заговора, в котором участвовали все пятеро его братьев. Более того: во главе заговора стояла, предположительно, его жена Ксения Ивановна.
Никита Романович приходился шурином Ивану Грозному. Брат первой и любимой жены царя Ивана Грозного, Анастасии, пользовался доверием и уважением царя. Старший брат Никиты Романовича Даниил, служил дворецким у царя Ивана Грозного. После его смерти дворецким стал Никита. На протяжении многих десятилетий он был одним из самых влиятельных придворных. Никита имел чин боярина. Этот чин имели очень многие, если не все, предки Романовых. Он давался и за заслуги по службе, но прежде всего – по происхождению («по отечеству»). Боярин – это был служивый человек по отечеству. В XVII веке даже князь может получить чин боярина. Тогда говорили: «боярин князь такой-то».
Никита нес ответственную службу: участвовал во всех приемах с иностранцами, был старшим воеводой во время военных действий, наместником в разных городах – все это отражено в документах. Когда Иван Грозный поставил его на сторожевые посты на юге России, Никита сумел укрепить границу, облегчил положение служивых людей, увеличил оклад сторожевым казакам и распределил сроки ежегодной