5 июля 1941 года, без освобождения от обязанностей Прокурора СССР, был назначен членом Военного совета Северо-Западного фронта и непосредственно возглавил Особый отдел фронта. При Бочкове произошло знаменательное для органов прокуратуры событие: по его предложению Президиум ВС СССР 16 сентября 1943 года принял Указ об установлении прокурорско-следственным работникам классных чинов и введении для них форменной одежды, чего Бочков добивался не один год.
13 ноября 1943 года по личной просьбе был освобожден от обязанностей Прокурора СССР и назначен начальником Управления конвойных войск НКВД СССР, где прослужил около 8 лет.
В 1951 году он стал заместителем начальника Главного управления лагерей МВД СССР, возглавив управление военизированной охраны. В мае 1959 года вышел в отставку, но еще некоторое время работал в проектно-конструкторских технологических институтах.
Умер 2 августа 1981 года. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
В 1943 году началось освобождение украинской земли, которое было завершено в октябре 1944 года. Оперативная группа Прокуратуры Украинской ССР, возглавляемая Руденко, с первых же дней освобождения республики занялась восстановлением всех звеньев прокурорского надзора.
Эта работа велась в тесном контакте с органами военной прокуратуры, следователи которой, как и следователи территориальных органов прокуратуры, тоже трудились с большим напряжением. В одном «служебном отзыве» того времени на исполняющего обязанности старшего военного следователя И. С. Шрайбер отмечалось, что «с мая 1943 года по октябрь она закончила 64 дела на 79 человек или в среднем 12,8 дела в месяц… самостоятельно разыскала и задержала в октябре трех дезертиров».
Правда, не все офицеры военных прокуратур дожили до Дня Победы – 278 человек не вернулись домой…
Уже в начале 1943 года аппарат республиканской прокуратуры возвратился в очищенные от фашистских захватчиков районы Ворошиловградской области. По мере продвижения советских войск на запад прокуратура перебазировалась в районы Харьковской области, а в конце августа 1943 года – и в Харьков.
В марте 1943 года Руденко был присвоен классный чин государственного советника юстиции 3-го класса, а 23 июня того же года он становится прокурором Украинской ССР, сменив Л. И. Яченина. Спустя еще четыре дня Руденко становится государственным