В 1589 году в Русской Православной Церкви было учреждено патриаршество. Одновременно в Москве была создана Крутицкая митрополия, имеющая обширнейшую территорию с центром в Крутицком монастыре. Митрополиты Крутицкие были самыми влиятельными после Патриарха и нередко его замещали.
Патриарх и Великий Государь всея России Филарет Никитич
Успехи в крещении многомиллионного населения, обретенного Московским государством, потрясали современников. «Новый летописец», не скрывая своего восторга, всячески превозносил Филарета, сравнивая его с древними первокрестителями. Но, несмотря на действительно выдающийся ум и политические способности Филарета, весь секрет заключался в массовом исходе в Россию ариев-казаков, принимавших «русскую веру». Крещение освобождало их от присяги прежнему князю, а под покровительством русского царя казаки освобождались от податей и повинностей, наделялись льготами, различными привилегиями и получали возможность наниматься на государеву службу за щедрую плату.
Великий Государь-Патриарх Филарет укрывал и кормил в своих обширных поместьях всех, кого преследовала светская власть, невзирая на совершенные ими преступления; его примеру следовали все церковные иерархи. Таким образом, Русская Православная Церковь превратилась и в надежное убежище для всех преследуемых и гонимых.
Широкое распространение получила миссионерская деятельность. До крайних пределов России, во все ее самые труднодоступные уголки вместе с казаками-землепроходцами шли священники, невзирая на трудности и лишения. Как писал А.П. Смирнов, «свет веры Христовой засветился от подошвы Урала до Енисея».
Прекрасно понимая характер свободолюбивых казаков, Филарет самым строгим образом запретил какое-либо принуждение. Даже предоставляя убежище в церковных владениях, священники ни в коем случае не должны были способствовать насильному крещению. И мусульман, и язычников указами Патриарха необходимо было «к себе приучати и приводить ко крещению с любовию, а страхом и жесточью ко крещению никак не приводити» [2].
Православие постепенно становится политическим инструментом – способом сформировать собственный народ Русского царства. Примечательно, что не разобравшийся в происходящих событиях бывший Патриарх Иона в 1620 году заспорил с «Великим Государем всея России», Патриархом Филаретом Никитичем Романовым. Он отказался перекрещивать католиков в православие, считая, что они и так истинные христиане. Чтобы не предавать старца опале, Патриарх Филарет созвал новый, специальный собор против Ионы,