Suurelta matkaltaan välillä kotona ollessansa hän jo julkaisi Tiedeseuran toimituksissa vatjan kieliopin, kielennäytteitä ja sanaston (1856) sekä Suomi-kirjassa esityksen "Viron nykyisemmästä kirjallisuudesta". Vasta varsinaisesti kotiin palattuaan hän saattoi julkisuuteen vepsäläiset muistiinpanonsa (1861), Lönnrotin julkaisemien täydennykseksi. Jo sitä ennen hän oli dosenttiväitöksessään (1859) esittänyt alun mordvalaisia tutkimuksiaan. Itse pääteos, moksha-mordvan kielioppi, kielennäytteitä ja sanakirja, ilmestyi kahta vuotta myöhemmin saksaksi; se julkaistiin Pietarin tiedeakatemian toimesta ja se tuotti tekijälleen puolet Demidovin palkintoa. Hänen Unkarin-matkansa yhteydessä on tutkimus suomen ja unkarin kielen sukulaisuudesta (1863). Samana vuonna Ahlqvist nimitettiin suomen kielen ja kirjallisuuden professoriksi, ja samalla keskeytyi matkan tulosten toimittaminen ja julkaiseminen vuosikausiksi. Vasta v. 1880, hänen kolmannen Siperian-matkansa jälkeen, ilmestyivät pohjois-ostjakkilaiset kielennäytteet ja sanasto.
Kun Ahlqvist v. 1888 oli päässyt aikaa surmaavista virkatoimistaan, joita hänellä oli ollut professorina, tiedekunnan dekaanuksena ja yliopiston rehtorina, niin hänellä oli aikomus ryhtyä suorittamaan niitä monia kokoelmia, joita matkoilla oli karttunut. Mutta pitkälle hän ei suorittamistyössä ehtinyt, ennenkuin kuolema, arvaamattomaksi vahingoksi tieteelle, hänen työnsä ainaiseksi katkaisi. Suorittamatta ja julkaisematta jäivät laajat tieteelliset keräelmät. Pieni osa näistä on hänen kuolemansa jälkeen painettu, ja toivottavasti voidaan vastaisuudessa saattaa hänen tärkeimmät suomalais-ugrilaiset ja turkkilais-tatarilaiset aineksensa julkisuuteen. Mutta jokainen asianymmärtäjä tietää, ettei toinen milloinkaan voi toisen aineksia suorittaa samalla tavoin kuin tutkija itse on tarkoittanut.
Syynä siihen, että nämät runsaat ainekset jäivät suorittamatta, olivat, niinkuin viitattu, ne velvollisuudet, jotka seurasivat suomen kielen ja kirjallisuuden professorinvirkaa. Puhumatta virkatointen tuottamasta häiriöstä tuli Ahlqvistin varsinaiseksi velvollisuudeksi tästä lähtien etupäässä käyttää aikansa työhön suomen kielen tutkimista ja sen sivistyskieleksi kohottamista varten.
Niistä töistä, jotka ovat välittömässä yhteydessä Ahlqvistin yliopistollisen opetustoimen kanssa, ovat ensi sijassa mainittavat hänen suomen kielioppia koskevat tutkimuksensa. Näistä ensimäinen oli "Suomalainen runous-oppi kielelliseltä kannalta", jolla hän saavutti professorinviran ja joka oli ensimäinen täydellinen esitys vanhan suomalaisen runon mitasta ja kaunistuskeinoista sekä käsitteli myös uuden elikkä taiderunouden sääntöjä. Luennoillansa hän heti ryhtyi esittämään järjestelmällistä suomen kielioppia, josta hän vihdoin antoi ulos ensi osan v. 1877 nimellä "Suomen kielen rakennus, vertaavia kieliopillisia tutkimuksia". Teoksen nimi osottaa, että tässä teoksessa ei enää, niinkuin meillä ennen oli ollut tavallista, esitystä supistettu vain yhden kielen piiriin, vaan oli etsitty selvikettä vertauksista sukukielten kanssa. Ahlqvist olikin jo heti alusta suomen kielen yliopistollisen opetuksen alaa laventanut, ottamalla sen piiriin lähimmät sukumurteet, joiden oppimisen hän oli tehnyt mahdolliseksi julkaisemalla "Suomalaisen murteiskirjan" (1869). Mainittua "Suomen kielen rakennusta" ilmestyi vain ensi osa, joka sisälsi nimisanojen synnyn ja taivutuksen sekä runo-opin. Suomen kielen rakennuksen jatkoa, äänneoppia, oli vainaja vähää ennen kuolemaansa ryhtynyt valmistelemaan, mutta ei ollut saanut aivan valmiiksi enempää kuin muutamia sivuja. Muut tämän teoksen osat eivät ole painokunnossa: ne ovat osittain luentojen muodossa, osittain vain ainekokoelmina. – Suomen kielen tutkimusta ja käytäntöä koskevia kysymyksiä varten perusti Ahlqvist v. 1871 erityisen äänenkannattajan "Kielettären", joka seitsemässä ilmestyneessä vihossaan sisälsi tutkimuksia, arvosteluja sekä tieteellisistä teoksista että myös suomenkielisestä kaunokirjallisuudesta, tietoja, muistutuksia ja ohjeita, ja joka on paljon vaikuttanut suomen kielen viljelykseen. Melkein kaikki kirjoitukset siinä ovat toimittajan kirjoittamia.
Yksi tutkimusala, joka Ahlqvistia aina suuresti miellytti ja josta hän jo heti alussa alkoi yliopistollisia luentoja pitää, oli sivistyssanojen tutkimus, ja sen hän teki jo ennen kuin tunsi sivistyssana-tutkimuksia indoeuroppalaisella alalla. Tavallaan Porthanin alulle panemaa työtä jatkaen alkoi Ahlqvist suomalaisella alalla käyttää sivistyssanoja, s.o. niiden esineiden nimiä, joita ihminen on keksinyt pyrkiessään luontokappaleen kannalta ylemmäksi, suomalaisten muinaisen sivistyshistorian selvittämiseksi. Tutkimustensa tulokset hän esitti teoksessaan "Länsisuomalaisten kielten sivistyssanoista", joka ilmestyi sekä ruotsiksi (1871) että saksaksi (1875) ja on herättänyt ehkä suurempaa huomiota kuin mikään muu hänen tieteellisistä teoksistaan.
Vihdoin on vielä aine, jota suomen kielen ja kirjallisuuden professori ei voi jättää silmällä pitämättä, ja se on Kalevala, ja tämä olikin alusta alkaen Ahlqvistilla yhä palaavien luentoaineiden joukossa. Käsitystään ja mielipiteitään hän kuitenkin alkoi julkaista vasta sen jälkeen kuin Kalevalakysymys, etenkin Julius Krohnin tutkimusten kautta, oli tullut tavallaan tieteelliseksi päivänkysymykseksi. Ensimäinen tälle alalle kuuluva kirjoitus, "Tutkimuksia Kalevalan tekstissä ja tämän tarkastusta", ilmestyi kutsumuskirjana 1886 v: n maisterin- ja tohtorinvihkiäisiin ja sen tarkoituksena on esitellä niitä Lönnrotin Kalevalassa tavattavia "pihtien pitämiä", joista hän jo monesti oli luennoilla huomauttanut, mutta joita hän arkatuntoisuudesta ei tahtonut tuoda julkisuuteen ennen kuin Lönnrotin poismentyä. Seuraavana vuonna ilmestyi "Kalevalan karjalaisuus", jossa tekijän kannalta on vastattu kysymyksiin: "kutka ovat Kalevalan laulaneet ja missä on tämä tapahtunut?" Niinkuin tunnettu on tämä teos etupäässä tähdätty Julius Krohnin esittämää käsityskantaa vastaan.
Me olemme täten lukijan mieleen palauttaneet Ahlqvistin tieteellisen toimen tärkeimmät hedelmät. Lukija on huomannut, että tahallamme olemme pidättyneet kaikesta erityisten teosten arvostelusta. Erityiskohtainen arvostelu ei tässä tilaisuudessa olekkaan paikoillaan; muutamilla yleisillä sanoilla huomautettakoon hänen tutkimuksensa ansioita ja puutteita.
Suomalais-ugrilaisella alalla on August Ahlqvistin pääansio että hän ensimäisten joukossa on hankkinut tutkimukselle aineksia itse elävästä lähteestä, suomalais-ugrilaisten kansojen omasta keskuudesta. Ja mitä tulee varsinaiseen ahtaampaan suomen kielen tutkimukseen, niin täytyy tunnustaa, että se Ahlqvistin sille alalle kääntyessä oli jotenkin alkuperäisellä kannalla. Ja ajatelkaamme vain, mihin surkeaan tilaan asiat olisivat joutuneet, jos Ahlqvistia ei olisi ollut. Ainoa, joka Ahlqvistin kanssa pyrki suomen kielen professorinvirkaan, oli Gottlund. Joka vähänkin tuntee Gottlundin tieteen laatua, tietää että Gottlundin pääsy tähän virkaan olisi ollut surmanisku kaikelle tieteellisyydelle tällä alalla, Se olisi samalla tuottanut häiriötä ja vahinkoa kehittymässä olevalle kirjakielelle, jos kielessä korkeinta opetusta antamaan olisi tullut mies, joka tahtoi hävittää edellisten aikojen työn murteita yhdistävän kirjakielen aikaansaamiseksi, edellyttäen nimittäin että Gottlund tässä virassa olisi voinut jotakin mielipiteidensä hyväksi vaikuttaa. – Ahlqvistin suomen kielen tutkimuksilla oli aina tavallaan käytännöllinen päämäärä. Hänellä ei ollut pääasiana kielihistoriallinen tutkimus, miten kielenmuodot ovat syntyneet ja kehkeyneet, vaan hän tahtoi selvittää, mitkä muodot verrattuina kielessä vallitseviin "lakeihin" ja sananjohtoon olisivat katsottavat oikeiksi ja kirjakielessä käytettäviksi. Ja hänen vaikutuksensa suomen kirjakielen muodostukseen, joka on sangen suureksi arvattava, se on yleensä katsoen vienyt kehitystä oikeaan suuntaan, jos kohta emme tätä nykyä voikkaan hänen teoreettista oikeakielisyyskantaansa hyväksyä.
Yhtä rehellisesti kuin tunnustamme Ahlqvistin tieteellisen työn ansiot, yhtä vilpittömästi meidän tulee myöntää sen puutteetkin. Päävaillinaisuus hänessä oli se, että hän katsoi saattavansa olla muutamista seikoista kokonaan lukua pitämättä. Esimerkiksi sivistyssana-teoksessaan hän aivan täydellisesti jättää huomioon ottamatta tanskalaisen kielentutkijan V. Thomsenin tätä alaa koskevat ja suorastaan epookin-tekevät tutkimukset. Ei hän mainitse hänen nimeään ja muutamista kohdista tuntuu siltä kuin hän tahallaan olisi jättänyt teoksen lukematta. Samantapainen