Начальником транспортного отдела ВЧК был назначен член компартии с 1909 г. И.П. Жуков, бывший член Верховного трибунала при ВЦИК.
К началу 1919 г. сеть чекистских органов на транспорте представляла собой: транспортные отделы при ВЧК и при губернских ЧК; отделения по борьбе с контрреволюцией, саботажем и преступлениями по должности (железнодорожные ЧК (ЖЧК) на железнодорожных узлах и крупных станциях; комиссаров ЧК на небольших станциях и пристанях.
Организационному укреплению транспортных чрезвычайных комиссий, более четкому определению их функций и объема полномочий служило и принятое 1 марта 1919 г. постановление СРКО «Об урегулировании взаимоотношений между ВЧК, ЖЧК и НКПС», в основу которого был положен подготовленный В.И. Лениным 28 февраля 1919 г. проект[391]. Оно дополнило постановление СРКО «О невмешательстве железнодорожных ЧК в распоряжения железнодорожной администрации» от 24 февраля 1919 г.[392]
В этих документах излагались правила взаимодействия транспортных ЧК с железнодорожной администрацией в целях повышения эффективности работы железных дорог. Для этого же в транспортный отдел ВЧК вошли представители Наркомвоена и член коллегии НКПС.
Транспортным ЧК вменялось в обязанность наблюдать за своевременной разгрузкой железнодорожных составов соответствующими органами и организациями и в случае невыполнения работ в назначенный чрезвычайной комиссией срок привлекать их к ответственности. При контроле за выполнением этих работ, а также при обеспечении продвижения военных грузов транспортная ЧК действовала совместно с комендантами станций. Окружным транспортным отделам предоставлялось право применять высшую меру наказания или же предавать суду военно-революционного трибунала лиц, уличенных во взяточничестве, в хищении грузов и железнодорожных материалов, а также железнодорожников, систематически занимавшихся саботажем. Кроме того, определялся порядок пользования органами ЧК железнодорожным телеграфом и обеспечения чекистов продовольствием[393].
Структура транспортных органов ВЧК в годы Гражданской войны неоднократно менялась. В мае 1919 г.[394] в связи с преобразованием округов путей сообщения в дорожные управления НКПС произошло упразднение окружных транспортных отделов ЧК. Вместо них были созданы дорожные транспортные чрезвычайные комиссии как органы управления всеми отделениями ТЧК на железной дороге. ТЧК, деятельность которых распространялась на два и более железнодорожных и водных путей сообщения, стали называться районными транспортными чрезвычайными комиссиями (РТЧК). При узловых станциях и основных депо создавались участковые транспортные чрезвычайные