Адмирал А.В. Колчак органы военного управления формировал по образцу и подобию царской армии. 30 ноября 1918 г. (приказ военного министра № 16 от 5 декабря 1918 г.) был образован Главный штаб военного министерства, в котором сосредотачивались сведения об организации и составе войск, по комплектованию личным составом, их устройству и внутреннему управлению, подготовке кадров, снабжению всеми видами довольствия и т. д. Таким образом, произошло разграничение сфер влияния фронтовых и тыловых органов военного управления в «белой» Сибири.
Со временем расширялись функции Главного штаба, что привело к изменению его структуры. 26 февраля 1919 г. в нем были учреждены квартирмейстерский и осведомительный отделы. Осведомительный отдел, руководитель которого непосредственно подчинялся помощнику начальника Главного штаба, состоял из разведывательного отделения, контрразведывательной части, главного цензурно-контрольного бюро и информационного отделения[336].
В марте 1919 г. началась очередная волна реорганизации тыловых военных учреждений. В состав военно-окружного управления входили военно-окружной совет, военно-окружной штаб, управление дежурного генерала, окружной архив, типография и команда штаба. В военно-окружном штабе было предусмотрено контрразведывательное отделение[337].
В тылу начала формироваться сеть контрразведывательных отделений и пунктов. На верху пирамиды находилась контрразведывательная часть осведомительного отдела Главного штаба (37 человек), состоявшая из центрального контрразведывательного отделения (ЦКРО) и центрального регистрационного бюро (ЦРБ)[338]. Ниже находились КРО управлений генерал-квартирмейстеров штабов Омского, Иркутского и Приамурского военных округов. Начальники контрразведывательных отделений руководили контрразведывательными пунктами, учрежденными на подведомственной территории. Так, в зоне ответственности Омского военного округа КРП были организованы в Славгороде, Барнауле, Бийске, Камене, Новониколаевске, Кузнецке, Томске, Тайге, Судженске; Иркутского – в Ачинске, Красноярске, Енисейске, Канске-Енисейском, Минусинске, Нижнеудинске, Бодайбо, Илимске, Черемхово; Приамурского – во Владивостоке,