В конце 1918 г. начало функционировать особое бюро при Московском окружном военном комиссариате, возглавляемое А.Х. Артузовым, работником военного отдела ВЧК. Бюро получало подробную информацию от своих секретных сотрудников о положении дел в частях Московского гарнизона.
Кроме фронтовых, армейских и губернских чрезвычайных комиссий вопросами борьбы с контрреволюцией в армии продолжали заниматься органы военного контроля.
Основными подразделениями военного контроля были два отделения – активное и общее. Активное отделение вело агентурно-оперативную работу и осуществляло в необходимых случаях наружное наблюдение; общее отделение занималось вопросами организации работы в целом. Органы военного контроля в контакте с местными ЧК и органами военной разведки Красной армии занимались разыскной работой и т. п.
Таким образом, в Красной армии существовали и действовали независимо друг от друга две системы военных контрразведывательных органов – система военного контроля, предназначенная преимущественно для борьбы со шпионажем, и система чрезвычайных комиссий, которые вели борьбу с контрреволюцией вообще, и особенно с внутренней контрреволюцией.
Первые результаты оперативной работы свидетельствовали о том, что разведывательная работа иностранных государств пересекалась с контрреволюционной деятельностью. По этому поводу член коллегии ВЧК М.Я. Лацис в одной из своих докладных записок писал, что «с тех пор, как изменился характер войны, с тех пор, как она стала Гражданской войной, трудно и даже невозможно отличить шпионаж от контрреволюционных действий». В связи с этим руководство страны считало, что орган безопасности в армии кроме прочего должен целенаправленно проводить политическую линию коммунистической партии.
К концу 1918 г. стало очевидным, что существование двух контрразведывательных аппаратов – военного контроля и фронтовых и армейских ЧК не позволило организовать эффективную борьбу с контрреволюцией и шпионажем в вооруженных силах, они действовали разобщенно, не взаимодействуя и не координируя оперативные мероприятия. Требовалось создание единого аппарата военной контрразведки, который бы полностью отвечал за обеспечение политической и военной безопасности Красной армии.
Как в военном ведомстве, в частности в РВСР, так и в ВЧК вырабатывались варианты создания единого органа. Военные и чекисты сходились во мнении, что наиболее правильным решением будет объединение аппаратов контрразведки (отделов и отделений военного контроля) с фронтовыми и армейскими чрезвычайными комиссиями. Но выявились различные, а порой диаметрально противоположные точки зрения на решение этой проблемы[279].
Органы военного контроля, созданные для борьбы со шпионажем в Красной армии и на флоте, по мнению ряда руководящих сотрудников ВЧК, являлись «контрреволюционными».