Совпадение формы и содержания позволяет заключить, что этноним «еврей», по всей видимости, действительно связан по своему происхождению со словом хапиру, восходящему к западносемитскому корню ‘-b/p-r. Малодоступное Иудейское нагорье, где в эпоху позднего бронзового века возникло ханаанейское племенное объединение Израиль, должно было быть привлекательным в качестве убежища для хапиру. Вероятно, из-за их значительного количества, обосновавшегося там, всё население Израиля стало у его соседей называться их именем. Это название, первоначально бывшее экзонимом, постепенно было усвоено самими израильтянами и стало использоваться ими в некоторых случаях применительно к себе.
Помимо того, что Иаков и Израиль изначально были праотцами двух разных племён, представление о происхождении евреев от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н.э., опровергается данными современной генетики. Исследование ею Y-хромосомы позволяет установить происхождение по мужской линии любой человеческой популяции в зависимости от распространённых в ней гаплогрупп. Среди современных евреев наиболее распространены переднеазиатские мужские гаплогруппы J1 (ок. 20%), J2 (ок. 25%) и E1b1b (ок. 25%), остаток же приходится на смесь европейских и азиатских гаплогрупп R1a, R1b, G, Q1 и др. Из них коренной семитской является гаплогруппа J1, которая широко распространена у арабов (йемениты – 76%, саудиты – 64%), а также преобладает у когенов, считающих себя потомками жрецов Иерусалимского храма (46%). Гаплогруппа J2, по всей видимости, возникла севернее, чем J1, предположительно в восточной Анатолии. Она чаще всего встречается у вайнахов (ингуши – 87%, чеченцы – 55%), с меньшей частотой также у других переднеазиатов. Её носителями являются 14% когенов. Гаплогруппа E происходит с северо-востока Африки. Она отделилась от гаплогруппы J примерно 30—40 тысяч лет назад. J, в свою очередь, разделилась на J1 и J2 позже, но в любом случае за многие тысячи лет до предполагаемого времени жизни патриарха Иакова-Израиля. Из современных евреев на происхождение от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н.э., могут претендовать лишь считанные проценты.
Генетика также внесла коррективы в представление о передаче еврейства преимущественно по женской линии. Оказалось, что у европейских евреев-ашкеназов (с численностью примерно