Остановившись для отдыха в Смоленске, Ермолов был предупрежден губернским почтмейстером, давним приятелем его семейства, о презренных свойствах Линденера, не любившего щадить кого бы то ни было. Между тем прислано было из Санкт-Петербурга высочайшее повеление о прощении подсудимых, вина которых была даже в Петербурге найдена ничтожною. Приезд Ермолова в Калугу, где он остановился у дома Линденера, возбудил всеобщее любопытство. Линденер, будучи в то время нездоров, приказал привести к себе в спальню Ермолова, которому было здесь объявлено высочайшее прощение. Линденер почел, однако, нужным сделать строгий выговор Ермолову, которого вся вина заключалась лишь в близком родстве и дружбе с Каховским; заметив удивление на лице Ермолова, Линденер присовокупил: «Хотя видно, что ты многого не знаешь, но советую тебе отслужить пред отъездом молебен о здравии благодетеля твоего – нашего славного государя». Приняв во внимание советы многих, утверждавших, что если им не будет отслужен молебен, то он вновь неминуемо подвергнется новым преследованиям, Ермолов, исполнив против воли приказание Линденера, отправился с Ограновичем в обратный путь.
Между тем коварный Линденер, донося государю о приведении в исполнение его воли, изъявил, однако, сожаление, что его величество помиловал шайку разбойников, заслуживающих лишь строжайшего наказания. Ермолов, возвратившись к своей роте, оставался спокойным в течение пятнадцати дней, но прибывшему после того фельдъегерю было приказано доставить его в Санкт-Петербург со всеми его бумагами; так как опасались бегства обвиненного, то фельдъегерю было приказано оказывать ему дорогою всевозможное внимание. Прибыв в Царское Село, Ермолов и его спутник спокойно обедали и оставались здесь до наступления темноты; введенный в заблуждение ласковым обращением фельдъегеря, Ермолов полагал, что государь имел намерение дать ему новое назначение, но, когда ему было объявлено, что они прибудут в Санкт-Петербург лишь ночью, дабы не быть никем узнанным, он убедился в том, что его здесь ожидало.
Остановившись сперва у квартиры генерал-прокурора Лопухина на Гагаринской пристани, они были пересланы в дом, занимаемый Тайною канцелярией, находившейся на Английской набережной. Вследствие приказания старшего чиновника этой канцелярии Ермолова повезли на время в Петропавловскую крепость, где заперли в каземат, находившийся под водою в Алексеевском равелине. Комната, в которой он был заключен под именем преступника № 9, имела шесть шагов в поперечнике и печку, издававшую сильный смрад во время топки; комната