После побед, одержанных им в Малой Азии, которую он оставил в руках губернаторов, Баязид вернулся в Европу. Здесь его больше всего занимал вопрос, связанный с Венгрией, король которой, Сигизмунд, стал его главным врагом. Действуя в провокационном духе, Баязид и раньше инициировал набеги на Венгрию и за ее пределы, где турок стали рассматривать как страшную угрозу Центральной Европе. Участники одного из набегов переправились через Дунай и провели первое сражение османов на Венгерской земле, приобретя союзника в лице воинственной Валахии, стремившейся освободиться от власти венгров. Сигизмунд, понимая серьезность османской угрозы, направил Баязиду послание, жалуясь на вмешательство Болгарии, находившейся под венгерским покровительством. Баязид высокомерно отказался отвечать, лишь обратив внимание королевского посла на оружие, висевшее в его шатре.
Ответом Сигизмунда стало вторжение в Болгарию. Он захватил крепость Никополь на Дунае, но был вынужден оставить ее, когда против него выступило большое османское войско. Мурад, разгромив правителя Шишмана, разрешил Болгарии сохранить определенную автономию в качестве вассального государства. Но теперь Баязид, не доверяя Шишману как союзнику в случае вторжения венгров, направил османскую армию против Болгарии и, казнив Шишмана, присоединил всю страну к Османской империи. Подобно Фракии и Македонии, Болгария стала составной частью империи и вместе с Валахией в качестве вассального государства создала на Дунае сильный заслон против Венгрии. Ликвидируя подобные местные династии, Баязид сделал большой шаг в направлении создания на Балканах централизованной имперской власти. В последующем процессе османизации и, в какой-то степени, исламизации Болгария утратила не только свою независимость, но и свою автокефальную ортодоксальную церковь, живой символ болгар как народа. Ранее частично латинизированная, она теперь оказалась под властью священников греческой ортодоксальной церкви, которых нередко было труднее выносить, чем мусульманских пашей.
Баязид тем временем готовился повернуть свои силы против Константинополя. В 1391 году