Вскоре находившиеся в Вильно советские войска столкнулись с неожиданными проблемами. В городе возникли затруднения с покупкой хлеба, раздражение жителей вызвало известие об изменении обменного курса валют, согласно которому 1 злотый был приравнен к 20 центам, а сумма возможного обмена ограничивалась. В результате польскими активистами «ночью 31 октября был учинен еврейский погром. На Конской улице со второго этажа дома сбросили целую еврейскую семью. Литовская полиция к еврейским погромам относится примиренчески. В 8 часов утра 1-го ноября у могилы (плита) Пилсудского собралось много поляков, принесших цветы, и уходили с патриотическими песнями. Демонстранты срывали литовские флаги с криками: “Долой литовское правительство”, “Долой незваных гостей в Литву и СССР”. В толпах избивали евреев. Демонстранты обвиняли торговцев-евреев в поднятии цен на продукты и товары. Демонстрация была рассеяна вмешательством [советских] войсковых частей (10 танков, 2 бронемашины и сильного конного наряда). В стычке с демонстрантами имелись раненые. 7-го ноября польские националисты произвели налет на казармы по ул. Костюшки и сожгли 10 танков литовской армии. В этой схватке убит один поляк»[420].
12 ноября командир 16-го ОСК обратился к командующему войсками Виленской войсковой группы генералу В. Виткаускасу с сообщением о том, что «11-го ноября 1939 года в 1 час ночи по местному времени дозорные артиллерийского полка советских войск, расположенных в казармах быв[шего] уланского полка польской армии, попали под перестрелку, завязавшейся между неизвестными группами лиц. По показанию бойцов советских войск, бывших в дозоре, перестрелка произошла при следующих обстоятельствах: в 1 час ночи 11 ноября со стороны тюрьмы и военного городка, расположенных на юго-западном берегу р. Вилия, произошел одиночный выстрел. В ответ на этот выстрел последовали ряд выстрелов с городка литовских