МИД Германии своей нотой известил иностранные правительства об установлении протектората над Богемией и Моравией. В ноте было сказано, что, будучи «искусственной формацией», Чехословакия являлась «источником беспокойства и обнаружила свою внутреннюю нежизнеспособность, поэтому и произошел фактический распад чехословацкого государства». Исходя из требований самосохранения, Германская империя решила «вмешаться в определение дальнейшей судьбы народов Чехословакии с целью восстановления основ разумного порядка в Центральной Европе» и для обеспечения германскому и чешскому народам «жизненного пространства и национального самобытного существования».
Формально протекторат был самоуправляющимся и имел собственную полицию, армию, флаг и денежную единицу. Германия отвечала за внешнюю политику и военные вопросы. Однако чешские органы должны были согласовывать все свои решения с имперским протектором, а фактически выполняли его указания. Наместником Германии в протекторате был имперский протектор, подчинявшийся только Гитлеру. Протектор мог наложить вето на любое решение правительства протектората, а в исключительных случаях мог и сам издавать приказы и распоряжения. Протектор мог налагать вето и на любое судебное решение. Все нормативные акты перед их обсуждением правительство протектората должно было представлять на утверждение протектора. Протектор мог снять с должности любого министра в случае «утраты доверия к нему».
Административно протекторат был разделен немцами на «земельные округа» (Landrat), которых сначала было 39, а с мая 1942 года – семь. Главы округов – ландраты – должны были контролировать деятельность местных чешских органов управления.
Немецкий репрессивный аппарат протектората – гестапо, Службу безопасности НСДАП (СД) и криминальную полицию – возглавлял заместитель имперского протектора Карл Херманн Франк (судетский немец).
В июле 1939 года Гейдрих как глава СД назначил оберфюрера СС доктора Отто Раше «руководителем СД и полиции безопасности в протекторате Чехии и Моравии». Сначала предполагалось создать одно главное управление гестапо в Праге с отделениями в каждом ландрате. Однако по указанию Гиммлера было учреждено два главных управления гестапо: в Праге (Geheime Staatspolizeileitstelle Prag, отвечало за Чехию) и в Брно (Geheime Staatspolizeileitstelle Brunn, Моравия). Оба главных управления подчинялись непосредственно центральному аппарату гестапо в Берлине. Персонал главного управления гестапо в Моравии составляли первоначально 70-80 гестаповцев из Вены и Штутгарта[16].
Первым имперским протектором был 15 апреля 1939-го назначен бывший министр иностранных дел Константин фон Нейрат, занимавший эту должность до 1943 года. Его преемником стал Вильгельм Фрик (протектор в 1943-1945 гг.). В 1941-1942 гг. обязанности имперского протектора исполнял глава Главного упралеяни имперской безопасности (РСХА) и Службы безопасности (СД) НСДАП Гейдрих.
27 апреля 1939 года председателем правительства протектората