Группа Свободы 11 сентября 1939 года получила приказ польского командования двигаться на Пинск – Сарны – Ровно, так как немцы уже вышли к Варшаве с востока. 13 сентября поезд с легионерами подвергся атаке немецкой авиации. Чехословаки, точнее, зенитная группа легиона, успели принять участие в боях в районе Тарнополя и даже сбили один немецкий штурмовик Ю-88.
Фактический командующий легионом подполковник Людвик Свобода принял решение отступать в СССР, так как считал именно Советский Союз главным действенным противником Германии. Это решение поддержал чехословацкий посланник в Варшаве Славик. Он начал переговоры с советским военным атташе в Польше Рыбалко (позднее, в годы Великой Отечественной войны, ставшим одним из самых успешных полководцев Красной армии и принявшим участие в освобождении Праги). Однако Прхала, прибыв в легион 15 сентября, приказал двигаться в Румынию. 17-го польское командование вообще издало абсурдный приказ, распорядившись, чтобы почти невооруженный легион выдвигался на северо-запад, то есть навстречу немецким танкам. Поляки не хотели, чтобы легион вошел в соприкосновение с частями РККА, которые 17 сентября 1939 года перешли границу Польши, начав освобождение Западной Белоруссии и Западной Украины. Свобода выразил формальный протест против такого приказа и двинулся в обратном направлении навстречу Красной армии.
С согласия советского правительства чехословацкий легион 18 сентября 1939 года перешел на территорию СССР[52]. Чехословаков разместили в здании военкомата в районе города Каменец-Подольский. Легионеры были разуты и раздеты, и советские власти снабдили их одеждой и постельным бельем, причем решение о судьбе легиона принималось на уровне ЦК ВКП(б).
Нарком внутренних дел Берия обратился к А. И. Микояну с просьбой обеспечить чехословаков[53] всем необходимым. 20 декабря 1939 года Микоян дал указание наркомам легкой и текстильной промышленности Лукину и Косыгину срочно выдать НКВД за счет иных потребителей 700 отопительных устройств, комплектов исподнего белья, кожаных ботинок, шапок-ушанок, простыней и одеял для обеспечения интернированных офицеров и бойцов чехословацкого легиона бывшей польской армии. На чехословаков был распространен продуктовый паек Красной армии.
Легион хотели перебросить в Румынию, союзницу Чехословакии по Малой Антанте, но та отказалась их принять. Негативный ответ был получен и от американского посольства. В связи с этим решили создать специальный лагерь для чехословацких легионеров (в военкомате было тесно, многие спали на полу, а больших зданий в том районе не имелось). Режим у интернированных был свободный, и НКВД сообщал, что от безделья многие занимаются спекуляцией. Были отмечены как случаи антисоветской, так и антинемецкой агитации легионеров среди местного населения.
Берия отверг предложение своих подчиненных о переводе легионеров на режим военнопленных. В резолюции на соответствующее предложение он 20 февраля 1940 года написал: «Чехов необходимо