Государь во многом продолжил начинания своего отца. В 1647–1648 гг. был осуществлен перевод на русский язык трактата И. Я. фон Вальхузена «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей». Перевод осуществили в московском Андреевском монастыре Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский и другие «словесники», собранные боярином Ф. М. Ртищевым. Этот факт также подтверждает, что в описываемый период монастыри продолжали оставаться не только духовными, но и специальными военно-политическими центрами Российского государства.
В числе наиболее доверенных лиц Тишайшего был его «дядька» (воспитатель) – боярин Б. И. Морозов. О влиянии Морозова говорит тот факт, что его подпись под Соборным уложением 1649 г. – первая среди подписей вельмож и четырнадцатая по общему списку (после подписей государя, патриарха и двенадцати высших иерархов Церкви). В 1645–1648 гг. фактически он являлся главой правительства. Собирание «под рукой» Морозова важнейших приказов свидетельствует о его посвященности в большинство государственных секретов, за исключением, может быть, тайных дел самого государя. Когда в ходе Соляного бунта в июне 1648 г. восставшие потребовали выдачи Морозова, царь укрыл его в своем дворце, а затем отправил на четыре месяца в фиктивную ссылку в монастырь. Выдав стрельцам двойное денежное и хлебное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены уже 3 июля. В октябре Морозов вернулся в Москву.
С 1649 г. официальным главой правительства, руководителем приказов Большой казны, Стрелецкого, Иноземского, Аптекарского и созданного в этом же году Рейтарского приказа становится боярин И. Д. Милославский, тесть царя.
Уроки Смутного времени и восстания (бунты) 1648 г., охватившие Москву, Томск, Сольвычегодск, Устюг, а также 1650 г., вспыхнувшие во Пскове и Новгороде, позволили молодому самодержцу сделать вывод, что его личная безопасность неразрывно связана с безопасностью всего государства, им управляемого. Относясь с достаточным недоверием к боярской верхушке и продолжая традицию Ивана Грозного, Алексей Михайлович приближал к себе людей «худородных», определяя их на службу в личную канцелярию, в 1654 г. реорганизованную в Приказ тайных дел (Тайный приказ).
«Тайный приказ с самого начала, при первых Романовых, был наделен огромными полномочиями. Даже члены Боярской думы, то есть Государственного совета, употребляя позднейшее выражение, в этот приказ не входили и дел там не ведали. Он был, значит, вне контроля этого Московского государственного совета. Он был подчинен непосредственно самому царю, и чиновники его на деле имели больше власти, чем члены Боярской думы».