Во главе приказа поставили подьячего И. М. Висковатого[28], который первым делом занялся созданием царского архива, куда поступили бумаги великих и удельных князей, документы внешнеполитического характера, следственные материалы. Таким образом, под его руководством был создан первый общегосударственный центр хранения, учета и анализа конфиденциальной информации, положено начало информационно-аналитической службе, основывавшей свою деятельность как на собственных архивных документах, так и на документах, тем или иным способом попадавших в Москву.
Чтобы обеспечить принятие выгодного для России решения, наряду с обычными дипломатическими средствами того времени И. М. Висковатый в 1562 г. привлек на свою сторону приближенных датского короля, которых, пользуясь современной терминологией, можно называть «агентами влияния». В 1559–1560 гг. царь использовал Посольский приказ в качестве противовеса влиянию А. Адашева.
Разделавшись с земской оппозицией, Иван IV переключился на поиск «врагов» среди приказной бюрократии. При дворе заметно набирали силу братья Щелкаловы[29], которые сыграли не последнюю роль в опале Висковатого. В 1570 г. И. М. Висковатый официально открыл печальный список руководителей и сотрудников спецслужб, получивших в качестве награды за верную службу «высшую меру».
Систему охраны южных рубежей государства следует считать одной из наиболее интересных военно-политических разработок, реализованных в период правления Ивана IV.
Во второй половине XVI в. пространство между верховьями Оки и Дона таило угрозу вторжений со стороны Крымского ханства, поэтому требовалось коренным образом улучшить оборону на этом участке. Одним из организаторов пограничной службы был «государев слуга и воевода» М. И. Воротынский[30]. В 1550–1560 гг. он руководил строительством оборонительных сооружений на подступах к Калуге, Коломне, Серпухову, лично отражал нападения ордынцев под Тулой в 1559 г. В те годы была создана Большая засечная черта, в народе называвшаяся Поясом Богородицы. Задачей крепостных гарнизонов было не допустить прорыва степняков к центру Московского государства по так называемому Муравскому шляху, который начинался у Перекопа и выходил к Туле. В 1571 г. царь поручил Воротынскому и боярину Н. Р. Юрьеву (деду первого царя из династии Романовых) провести съезд служилых людей из пограничных городов и выработать план защиты южных границ[31].
Для регламентации деятельности пограничной охраны был составлен «Боярский приговор о станичной и сторожевой службе» от 16 февраля 1571 г., «чтоб воинские люди на государевы украины войною безвестно не приходили»[32]. Поскольку степняки придерживались стратегии опустошения, а не завоевания, основной задачей русских являлось перекрытие коммуникаций маневренного противника.