Война еще не началась, а американцы, проживавшие в Калифорнии, провозгласили там независимую республику 15 июня 1846 года и подняли флаг с изображением медведя. (С тех пор на флаге Калифорнии изображен медведь и имеется надпись "Калифорнийская республика".) 23 июня в Калифорнию вошли американские войска во главе с капитаном Фремонтом. 7 июля коммодор Слоут отдал приказ американским судам овладеть Сан-Франциско. В считанные дни американцы овладели севером Калифорнии.
В этой войне силы были неравными. Американские войска насчитывали 115 тысяч солдат, мексиканские – от 18 до 40 тысяч. Американцы были лучше вооружены: у них были современные винтовки, произведенные на американских оружейных заводах. Мексиканцы же использовали британские мушкеты времен наполеоновских войн. В ходе этой войны американцы применили так называемую "летучую артиллерию": пушки размещались на конных повозках, и оттуда велся огонь. Такие повозки представляли нечто вроде боевых тачанок и они наносили немалый урон мексиканцам. Слабости мексиканской армии усугублялись политической нестабильностью в стране. Фактически армия была расколота на "централистов" и "республиканцев", между которыми не прекращались стычки. В ходе войны в Мексике произошел очередной переворот и президентом вновь стал Санта-Ана. И все же несмотря на слабости мексиканцев и свои преимущества американские войска под командованием З. Тейлора лишь после тяжелых боев сумели продвинуться в глубь мексиканской территории.
Решительный поворот в войне произошел после высадки десанта из 12 тысяч американских солдат под командованием генерала Скотта в районе порта Вера-Круз в марте 1847 года. В течение 12 дней осады американцы подвергли город массированному обстрелу. Репортер новоорлеанской газеты "Дельта" писал: "Мексиканцы оценивают число жертв от 500 до 1000 убитыми и ранеными, но все согласны в одном: потери среди солдат сравнительно невелики, но зато огромны потери среди женщин и детей". Разрушив город с помощью артиллерии, американцы взяли Вера-Круз. После этого Скотт 1 мая взял город Пуэбла, второй по величине город в тогдашней Мексике.
В сентябре начались бои за Мехико. По свидетельству очевидцев, в окрестностях мексиканской столицы "поля были покрыты тысячами трупов людей, частями лошадей и мулов… Четыре тысячи мексиканцев лежали убитыми