В начале января 1812 года Чуйкевич составил «дислокационную карту» наполеоновских сил, которая постоянно обновлялась за счет сведений, поступавших от военных разведчиков. По этой карте военный министр и император Александр I следили за передвижениями французских корпусов.
Здесь следует также отметить, что «военные агенты» Барклая де Толли назвали и точную цифру воинского контингента первого эшелона, с которым Наполеон намеревался перейти границу, – 450 тысяч человек.
В апреле 1812 года Чуйкевич сформулировал в письменном виде итоговые рекомендации для ведения войны против Наполеона: предложил отступать вглубь страны и затягивать военные действия из-за численного превосходства армии противника.
Упоминавшийся выше журналист Александр Обухов по этому поводу, в частности, писал: «Еще до начала военных действий Чуйкевич подал Барклаю де Толли записку, выводы которой базировались на донесениях все тех же “военных агентов”. В записке говорилось: “Уклонение от генеральных сражений, партизанская война летучими отрядами, особенно в тылу операционной неприятельской линии, недопускание до фуражировки и решительность в продолжении войны: для французов утомительные и союзников их неприемлемые”.
Вот так информация агентов русской военной разведки легла в основу тактики и стратегии ведения войны, которой сначала придерживался Барклай де Толли, а затем и Кутузов».
И неудивительно, что Наполеон, главной целью которого, по данным «военных агентов», являлся разгром русских армий превосходящими силами в самом начале кампании, перейдя границу, не встретил никаких русских воинских частей на всем протяжении от Немана до Двины. Данное обстоятельство привело его в подлинное смятение.
В апреле – июне 1812 года Петр Чуйкевич находился в командировке в Пруссии с военно-дипломатической миссией, которую активно использовал в разведывательных целях. Полученные им сведения относительно намерений французского военного руководства подтвердили справедливость сделанных ранее разведкой рекомендаций по поводу ведения военных действий против Наполеона.
С началом военных действий Петр Чуйкевич принял участие в рейде первого партизанского отряда под командованием Фердинанда Винценгероде. В июле 1812 года назначен обер-квартирмейстером в корпус Матвея Платова. Командуя казачьими частями, Чуйкевич участвовал в арьергардных боях. За Бородино был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени. За боевые отличия в августе 1812 года по представлениям Платова и Барклая де Толли получил чин полковника.
С января 1813 по декабрь 1815 года Петр Андреевич Чуйкевич являлся директором «Особенной канцелярии». Затем вышел в отставку по состоянию здоровья.
В 1821 году был вновь призван на службу и по 1829 год находился «по особенному поручению»