12 июля 1914 года молодой офицер прямо с выпускного бала был направлен на германский фронт. Служил в звании подпоручика командиром взвода в 105-м пехотном полку. Уже в конце 1914 года он получил чин поручика и стал ротным командиром. За проявленную отвагу в боях был награжден. Однако в начале 1916 года оказался в немецком плену. После трех лет пребывания на чужбине Базаров был освобожден из плена и отправлен водным путем на юг России, в Крым. Возвратившись на родину, недавний пленник вначале остановился в Ростове-на-Дону, а затем переехал на жительство в Екатеринодар. В январе 1919 года Базаров был мобилизован белогвардейскими властями. Служил младшим офицером в штабе одной из частей деникинской армии, а затем в Русской армии генерала Врангеля.
После того как в ходе Перекопско-Чонгарской операции дивизии красных 17 ноября 1920 года полностью овладели Крымом, остатки врангелевских войск под прикрытием французской эскадры эвакуировались в Турцию. Так Базаров оказался сначала в Константинополе, а потом – в Берлине.
В архивах Службы внешней разведки России, к сожалению, не удалось обнаружить точных сведений о том, как Базаров пришел в советскую внешнюю разведку. На этот счет существуют две версии. По одной из них, находясь в начале 1921 года в Берлине и окончательно разочаровавшись в «белой идее», он добровольно предложил свои услуги чекистам. По второй версии, Базаров именно по заданию ВЧК стал служить в белой армии и после ее поражения вместе с ней ушел за границу.
Так или иначе, но доподлинно известно, что в марте 1921 года Борис Базаров уже являлся кадровым сотрудником Иностранного отдела ВЧК – руководителем нелегальной резидентуры в Болгарии, в круг интересов которой входили также Румыния и Югославия. Это был незаурядный молодой человек, который свободно владел немецким, болгарским, французским и сербохорватским языками, неплохо говорил по-английски. В служебной характеристике на нелегального резидента, относящейся к тому периоду, в частности, отмечалось: «С марта 1921 года по 1924 год тов. Базаров пробыл на подпольной работе на Балканах (Болгария, Югославия), где в условиях крайне тяжелых, в условиях жесточайшего террора сумел создать и организовать работу группы источников, освещавших самые разнообразные политические и оперативные вопросы по Балканам».
С 1924 по 1927 год Базаров работал сотрудником полпредства СССР в Вене и под прикрытием этого учреждения в качестве резидента руководил нелегальными группами источников, действовавших в Болгарии, Югославии и Румынии. Одновременно поддерживал связь с лидерами македонского и албанского национально-революционных движений на Балканах, снабжая их оружием и материальными средствами. По заданию Центра «провел ряд особо ценных оперативных мероприятий».
В 1927 году Борис Яковлевич получил разрешение вернуться на Родину. Находясь в Москве, он руководил Балканским сектором внешней разведки. Особоуполномоченного ИНО ОГПУ Базарова отличало исключительно