Первый раз глава СКР Александр Бастрыкин обратился с ходатайством в Генпрокуратуру о внесении в Думу представления о лишении Дениса Вороненкова неприкосновенности в апреле 2015 года. Однако исполнявший тогда обязанности генпрокурора его первый заместитель Александр Буксман ответил отказом, сославшись на то, что в рамках расследования не выполнены все необходимые следственные действия. В частности, не проведены очные ставки между господином Вороненковым и другими фигурантами уголовного дела. Поэтому, посчитали в надзорном ведомстве, вина Дениса Вороненкова не установлена. Вторая попытка была предпринята Александром Бастрыкиным в январе 2016 года. На этот раз отказался вносить представление в Госдуму генпрокурор Юрий Чайка, мотивировав это тем, что следствие не выполнило указания Генпрокуратуры по устранению недостатков, выявленных в уголовном деле. Среди них говорилось о том, что «обвинение Вороненкову носит предположительный характер и построено исключительно на однотипных показаниях» трех других фигурантов расследования. При этом все трое заключили досудебные соглашения о сотрудничестве с заместителем генпрокурора Виктором Гринем.
Между тем, следствию удалось провести только одну очную ставку – между господином Вороненковым и юристом Олегом Крыловым, участвовавшим в реализации мошеннической схемы. Юрист изобличил народного избранника, утверждает следствие. После ставки Денис Вороненков стал игнорировать отправленные ему повестки и не отвечал на телефонные звонки из СКР. «А принудительно его, обладающего иммунитетом, привезти в следственный комитет никто не мог», – подчеркнул следователь.
Уголовное дело, обвиняемым по которому стал Денис Вороненков, было возбуждено в октябре 2011 года, когда учредитель ООО «Тома» и владелец двухэтажного здания на Международной улице, 38 Отари Кобахидзе обратился в правоохранительные органы с заявлением о том, что недвижимость была похищена при участии гендиректора его фирмы Марины Владимирской.
В ходе расследования было установлено, что во время отсутствия Отари Кобахидзе госпожа Владимирская предложила полковнику МВД в отставке Вячеславу Полозкову переоформить право собственности на здание и быстро продать его по сходной цене. Офицер, в свою очередь, предложил поучаствовать в сделке своим знакомым из ФСБ – полковнику Андрею Мурзикову и подполковнику Сергею Шишакову. Затем в этой схеме был задействован депутат Вороненков, которого чекисты попросили подыскать покупателя на здание. Его Денис Вороненков нашел в лице предпринимателя Виталия Качура, который согласился приобрести 1,5 тыс. кв. м недвижимости за $2 млн. Хозяин, кстати, оценивал ее в $5 млн. В качестве аванса господин Качур в апреле 2011 года передал депутату Вороненкову $100 тыс. Позже Виталий Качур передал депутату Вороненкову еще $1,2 млн за окончательное оформление здания в свою собственность. Однако предпринимателю Кобахидзе