Связь с Россией Якоби чувствовал уже давно по разным причинам. Во-первых, здесь сыграла свою роль, казалось бы, бесполезная служба в гавани Пиллау. Кенигсбергский порт находился близко от границы с Россией и имел огромное значение для вывоза русских товаров на Запад. Экономическое благополучие Кенигсберга крайне зависело от этого обстоятельства, и Мориц прекрасно это понимал. С годами эта зависимость становилась все сильнее, и впоследствии на Кенигсбергский порт даже были распространены русские правопорядки. Во-вторых, Якоби был связан с Россией и в научной сфере, например рассказы А. Гумбольдта, совершившего путешествие по приглашению русского правительства, об огромных богатствах российских недр производили огромное впечатление на кенигсбергских ученых. Наконец, Якоби был невероятно вдохновлен личностью и жизнью писателя А. Шамиссо, принявшего участие в кругосветном путешествии на русском корабле «Рюрик» по рекомендации И. Ф. Крузенштерна. Описание этого путешествия содержало и подробный рассказ о жизни в Петербурге. Друг Карла математик Я. Штейнер шутливо называл Морица «Великим Константином», указывая на его чрезвычайный интерес к России. Впоследствии Якоби не раз вспомнит об этом, удивляясь, как шутка стала своего рода предопределением.
Забегая вперед, стоит отметить, что эта связь с нашей страной в жизни ученого станет только более крепкой со временем. Так, уже на склоне лет, незадолго до смерти Якоби напишет о России следующие слова:
«Если достигнутые в сфере науки результаты приносят пользу всему миру, то, без сомнения, тем большее значение они имеют для страны, в пределах которой результаты эти добыты… Культурно- историческое значение и развитие наций оценивается по достоинству того вклада, который каждый из них вносит в общую сокровищницу человеческой мысли и деятельности. Поэтому нижеподписавшийся обращается с чувством удовлетворенного сознания к своей тридцатисемилетней ученой деятельности, посвященной всецело стране, которую привык считать вторым отечеством, будучи связан с нею не только долгом подданства и тесными узами семьи, но и личными чувствами гражданина.
Нижеподписавшийся гордится этой деятельностью потому, что она, оказавшись плодотворной в общем интересе всего человечества, вместе с тем принесла непосредственную и существенную пользу России…»
13 мая 1835 года философский факультет Дерптского университета ходатайствовал об избрании на должность экстраординарного профессора гражданской архитектуры М. Якоби. 8 июня Совет университета единогласно проголосовал в пользу Морица. Сам министр просвещения С. Уваров утвердил Якоби в этой должности. 27 сентября