На этом общем фоне временами возникали проблемы экзотического (на современный взгляд) характера: например, транспортировка морем лошадей, поскольку требовалась кавалерийская поддержка войск после десантирования, и, таким образом, даже в те времена десантная операция была сложным делом. Эти приготовления не остались без внимания на Мальте, хотя вице-король Сицилии, отвечавший за поддержку Мальты, дон Гарсия Толедский оказался в затруднительном положении не только из-за голода, поразившего Италию, но и из-за весьма расплывчатых королевских инструкций из Мадрида.
Между тем сам орден решал проблему собственного обеспечения привычным способом, нападая на все суда в доступных акваториях и забирая с них все, что можно было забрать, начиная с пресной воды, не говоря о продовольствии или порохе. После получения тревожной информации с берегов Босфора дон Гарсия Толедский в апреле 1565 года проинспектировал укрепления Мальты, особо указав де Валлетту на роль форта Святого Эльма в системе обороны острова, одновременно обнаружив его опасные недостатки, что подтвердилось позднее. В Гранд-Харбор 7 мая была установлена цепь поперек бухты, разделяющей полуострова Биргу и Сангли. Комендантом крепости Медины в центре острова (всего в 12 километрах от побережья) был назначен рыцарь Педро Мезкито из Португалии, с четким указанием держаться до последнего в случае вражеской осады, поскольку вверенная ему крепость становилась в предстоящих событиях последней надеждой мальтийцев.
Однако на берегах Босфора, при всей спешке и понуканиях султанского двора, дела шли не лучше. Тем не менее перед тем, как заняться Мальтой вплотную, султан Сулейман высказал свою точку зрения вполне однозначно: «Эти сукины дети, которых я уже покарал, спаслись лишь благодаря моему милосердию на Родосе. Я говорю теперь, после их непрерывных набегов и оскорблений: они должны быть наконец сокрушены и уничтожены». Даже с учетом особенностей языка XVI века подобная речь не позволяла двойного толкования. Соответственно, 30 марта огромный караван галер и транспортных галеонов, не считая вспомогательных судов разного назначения, отправился в Мраморное море, причем экипажи и солдаты оставались в неведении о конечном пункте похода и его цели. Зато они знали о крушении галеона с порохом у берегов Греции и гибели на нем нескольких сот человек, как