Вслед за Авиценной в Хорезм вскоре прибыли Бируни и Масихи. Ученые получили возможность спокойно заниматься наукой. Они ставили физические и химические опыты, наблюдали за падением метеоритов. Вместе с Масихи Авиценна тайно продолжал изучать строение тела человека. Это можно было делать только на трупах, а вскрытие трупов здесь, как и во многих странах, каралось тогда смертью.
Через несколько лет жестокий и вероломный правитель огромного соседнего государства султан Махмуд Газневи потребовал ученых к себе в столицу, дабы они «обрели почесть присутствия» на собраниях у него. Авиценна и старый врач Масихи, прослышав, что при дворе султана за неосторожно сказанное слово можно было запросто лишиться головы, ночью бежали через пески Кара-кум подальше от Газневи. Но на третий день пути в пустыне случилась песчаная буря. Путники заблудились, лишились воды и еды. Старый Масихи умер в пустыне. Авиценна похоронил его, а его самого спасли караванщики, тоже из-за бури сбившиеся с проторенного пути.
Между тем обозленный Махмуд Газневи разослал по всем городам и весям описание Авиценны. Любому, кто указал бы его местонахождение, была обещана крупная награда. Поэтому несколько лет Авиценна под чужим именем скитался из города в город, нигде подолгу не задерживаясь. Кормился он врачеванием на постоялых дворах. Однако даже при такой жизни Авиценна написал более десятка книг. Иногда он задерживался на несколько месяцев у какого-либо мелкого правителя, лечил его семью от всевозможных болезней. Но как только до правителя доходила весть о происках султана, Авиценне снова приходилось скрываться.
Наконец, в 1016 году он обосновался в городе Хамадане. Этот город назывался когда-то Экбатаной и был столицей древнего процветающего государства Мидии. Ко времени Авиценны город захирел и превратился в столицу захолустного маленького государства, которым правил полуграмотный эмир. Авиценна вскоре стал главным врачом правителя, а затем и главным министром – визирем. Как и прежде, рабочий день Авиценны начинался рано утром и заканчивался, когда все уже давно спали. Здесь он кончил первый том главного труда свой жизни – «Канона врачебной науки».
Пятитомник «Канона» вмещает все медицинские познания того времени. Первый том посвящен теории медицины – анатомии, диагностике, физиологии… Здесь описаны острые и хронические болезни и способы их лечения. Во втором томе рассказано о почти 800 лекарствах. Корни и кора многих деревьев, травы могут помочь человеку бороться со многими болезнями, указывает Авиценна. Третий и четвертый тома описывают болезни человеческих органов, рассказывают о способах лечения переломов черепа, носа, челюстей, ключиц, ребер… В пятом томе рассматриваются сложные лекарства, составы которых приходится готовить порою несколько дней. Многие рецепты даны со ссылкой на древнейших врачей,