24. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 12 järgi koostab Riigikogu juhatus infotunniks küsimuste esitamise järjekorra. Infotunnis küsimuste esitamise järjekorra koostamist reguleerivad RKKTS § 145 lõiked 1 ja 2.
25. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 13 kohaselt määrab Riigikogu juhatus olulise tähtsusega riiklike küsimuste arutelude kestuse, ettekandjad ning küsimuste esitamiseks ja sõnavõttudeks ettenähtud aja. Olulise tähtsusega riikliku küsimuse aruteluga seonduv on sätestatud RKKTS §-s 153.
26. RKKTS § 13 lõike 2 punkt 14 on kehtetu alates 2007. aasta 14. juulist, kui jõustus Riigikogu liikme staatuse seadus (vt RKLS § 48 p 2). Enne kehtetuks tunnistamist oli RKKTS § 13 lõike 2 punkt 14 sõnastatud järgmiselt: „Riigikogu juhatus: […] 14) otsustab Riigikogu liikmete puhkuse küsimusi;“. Käesoleval ajal ei reguleeri ükski õigusakt Riigikogu liikmete puhkusega seonduvat.
27. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 15 järgi otsustab Riigikogu juhatus Riigikogu liikmete saatmise lähetusse, kehtestab Riigikogu liikmete lähetuskulude hüvitamise tingimused, ulatuse ja korra, samuti RKLS §-s 30 ja § 31 lõikes 2 sätestatud kulude hüvitamise ulatuse, tingimused ja korra. Riigikogu liikme lähetusi reguleerib RKLS § 33. Lähetused jagunevad riigisisesteks ja välislähetusteks. Riigisisene lähetus on Riigikogu liikme saatmine väljapoole Tallinna täitma Riigikogu, Riigikogu juhatuse või komisjoni antud ülesandeid (RKLS § 33 lg 1). Välislähetus on Riigikogu liikme saatmine välisriiki täitma Riigikogu, Riigikogu juhatuse, komisjoni või fraktsiooni antud ülesandeid (RKLS § 33 lg 2). RKLS § 33 lõiked 4 ja 5 kordavad RKKTS § 13 lõike 2 punktis 15 sätestatut, et juhatus kehtestab lähetuskulude hüvitamise tingimused, ulatuse ja korra ning otsustab lähetusse saatmise. Riigikogu juhatus on 2003. aasta 4. märtsi otsusega nr 52 kehtestanud„Riigikogu liikme teenistuslähetuse vormistamise korra“. Seda on muudetud järgmiste juhatuse otsustega: 2007. aasta 28. juuni otsus nr 75, 2008. aasta 27. märtsi otsus nr 38, 2010. aasta 9. detsembri otsus nr 126 ning 2011. aasta 10. veebruari otsus nr 23.
28. Vastavalt RKLS §-le 30 hüvitatakse Riigikogu liikmele kuludokumentide alusel tööga seotud kulutused kuni 30 % Riigikogu liikme ametipalgast Riigikogu juhatuse kehtestatud korras. Riigikogu juhatus on kehtestanud Riigikogu liikme tööga seotud kulutuste hüvitamise korra 2007. aasta 28. juuni otsusega nr 74. Seda otsust on muudetud 2010. aasta 9. detsembri otsusega nr 126 ja 2011. aasta 10. veebruari otsusega nr 23.
29. RKLS § 31 lõikes 2 on sätestatud, et Riigikogu liikmele, kes rahvastikuregistrisse kantud elukohaandmete järgi elab väljaspool Tallinna või Tallinnaga piirnevaid kohaliku omavalitsuse üksusi, makstakse tema sooviavalduse alusel eluasemekulude hüvitamiseks iga kuu summa, mille suurus on 20 % Riigikogu liikme ametipalgast. Nimetatud sättes ei ole küll ette nähtud, et Riigikogu juhatus kehtestab eluasemekulude hüvitamise tingimused, ulatuse ja korra, kuid volituse selleks annab juhatusele RKKTS § 13 lõike 2 punkt 15. Riigikogu juhatus on kehtestanud Riigikogu liikme eluasemekulude hüvitamise korra 2011. aasta 10. veebruari otsusega nr 22.
30. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 151 järgi kehtestab Riigikogu juhatus Riigikogu ja Riigikogu Kantselei dokumentide asutusesiseseks teabeks tunnistamise ja nende kasutamise korra. Nimetatud korra on Riigikogu juhatus kehtestanud 2009. aasta 29. jaanuari otsusega nr 9.
31. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 152 kohaselt kehtestab Riigikogu juhatus RKLS § 31 lõikes 1 sätestatud kulude hüvitamise ulatuse ja korra XI Riigikogu liikmete jaoks. RKLS § 31 lõige 1 sätestas, et väljaspool Tallinna ja Tallinnaga piirnevaid kohaliku omavalitsuse üksusi elavad Riigikogu liikmed kindlustatakse vajaduse korral elamispinnaga Riigikogu juhatuse kehtestatud ulatuses ja korras. See säte kaotas kehtivuse XII Riigikogu volituste alguspäevast, st 2011. aasta 27. märtsist (vt RKLS § 61 lg 4). Seetõttu on RKKTS § 13 lõike 2 punkt 152 tänaseks toime kaotanud.
32. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 16 kohaselt kehtestab Riigikogu juhatus Riigikogu Kantselei struktuuri ning Riigikogu Kantselei teenistujate ametipalkade piirmäärad. Kuigi kommenteeritavas sättes nimetatakse üksnes kantselei struktuuri ja teenistujate ametipalkade piirmäärasid, kehtestab Riigikogu juhatus ka kantselei põhimääruse (RKKTS § 1573 lg 3), teenistujate koosseisu, ameti- ja abiteenistuskohtade nimetused ning palgaastmestiku (RKKTS § 1573 lg 4, vt ka ATS § 9 lg 2 esimene lause). Riigikogu Kantselei põhimääruse on Riigikogu juhatus kehtestanud 2008. aasta 13. novembri otsusega nr 133 (seda on muudetud juhatuse 2011. aasta 10. veebruari otsusega nr 19 ja 2011. aasta 8. detsembri otsusega nr 129). Kantselei struktuuri ja teenistujate koosseisu on juhatus kehtestanud 2011. aasta 8. detsembri otsusega nr 130. Kantselei teenistujate palgaastmestiku on juhatus kehtestanud 2010. aasta 9. detsembri otsusega nr 125.
33. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 17 järgi nimetab Riigikogu juhatusavaliku konkursi korras ametisse Riigikogu Kantselei direktori. Vastavalt RKKTS § 1573 lõikele 1 on Riigikogu Kantselei direktor kantselei juht, kelle ametiaeg on viis aastat. Riigikogu juhatus on 2011. aasta 6. detsembri otsusega nr 125 kehtestanud „Riigikogu Kantselei direktori ametikoha täitmiseks avaliku konkursi läbiviimise korra“.
34. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 18 järgi otsustab Riigikogu juhatusRKKTS-i või mõne muu seadusega reguleerimata protseduuriküsimused. Sisuliselt tähendab sätestatu juhatuse õigust täita protseduurireegleid kehtestava seaduse lünki (vt täpsemalt käesoleva väljaande sissejuhatuse punkt 3.4). Juhatuse pädevust otsustada reguleerimata protseduuriküsimused tuleb eristada Riigikogu esimehe (Riigikogu istungi juhataja) pädevusest lahendada istungi käigus seoses RKKTS-i tõlgendamise ja kohaldamisega tõusetuvad küsimused (vt RKKTS 10. peatüki 2. jao sätted, iseäranis § 74).
35. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 19 kohaselt arutab Riigikogu juhatus küsimusi, mille on temale esitanud Riigikogu esimees. Kommenteeritavas sättes peetakse silmas küsimusi, mille otsustamine RKKTS-i alusel on Riigikogu esimehe pädevuses (vt RKKTS § 14), mitte aga neid, mis kuuluvad Riigikogu juhatuse pädevusse ja mille Riigikogu esimees Riigikogu juhatuse tööd juhtiva isikuna paneb arutamiseks ja otsustamiseks juhatuse päevakorda (vt RKKTS § 16 lg 1). Nii näiteks võib Riigikogu esimees anda Riigikogu juhatusele arutamiseks Riigikogu istungi toimumiskoha muutmise (vt RKKTS § 14 lg 2 p 6, § 57).
36. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 20 kohaselt kutsub Riigikogu juhatus vajaduse korral kokku fraktsioonide esindajad, et kuulata ära nende seisukohad Riigikogu töö korraldamisega seonduvates küsimustes. Riigikogu praktikas on säärane fraktsioonide esindajate (üldjuhul esimeeste või aseesimeeste) nõupidamine saanud nimetuse vanematekogu. Seda tuleb käsitada kui nõuandvat, mitte aga otsustavat kogu. Vanematekogu arutab küsimusi, mida talle esitab juhatus. Esimene fraktsioonide esindajate nõupidamine leidis aset 1998. aasta 20. mail Riigikogu esimehe Toomas Savi kutsel. Sellistel nõupidamistel on arutatud Riigikogu liikmete kohtade jaotust istungisaalis, tööruumide andmist Riigikogu liikmetele ja fraktsioonidele, istungisaali töölaudade muutmist paberivabaks, Riigikogu liikme tööga seotud kulude hüvitamise korda, põhiseaduslike institutsioonide finantsautonoomiat, olulise tähtsusega riiklike küsimuste arutelude planeerimist ja protseduuri jms.
37. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 201järgi kinnitab Riigikogu juhatus Riigikogu arhiivi pidamise korra. Riigikogu arhiivi käsitleb RKKTS § 1582. Riigikogu juhatus on kinnitanud „Riigikogu arhiivi pidamise korra“ 2006. aasta 21. märtsi otsusega nr 142.
38. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 21 järgi korraldab Riigikogu juhatusRiigikogu tööd muul viisil. Kommenteeritav säte annab Riigikogu juhatuse pädevusse ka nende küsimuste otsustamise, mida ei ole nimetatud RKKTS § 13 lõikes 2 ega muudes RKKTS-i või teiste seaduste sätetes, ent mis tegelikkuses võivad ette tulla. Väljend „korraldab Riigikogu tööd muul viisil“ ei hõlma RKKTS § 13 lõike 2 punktis 18 sätestatut, st juhatuse õigust otsustada seaduses reguleerimata protseduuriküsimusi, vaid kõigi muude Riigikogu töö organiseerimise ja Riigikogu tööks vajalike tingimuste loomisega seoses kerkivate küsimuste lahendamist.
39.