Мартом 1956 г. датирована записка М. Н. Тихомирова о составлении «Московского некрополя».[25] Он, видимо, знал то, что сделано было в этом направлении П. Н. Миллером и другими москвоведами. В записке предлагалось составить «полный список захоронений выдающихся лиц, похороненных в Москве, памятники или могилы которых сохранились до настоящего времени». Отмечая особое значение надгробных надписей как важных источников по истории культуры и о прошлом Москвы, М. Н. Тихомиров считает необходимым цитировать их в описании памятников, а «наиболее замечательные могилы» фотографировать. «Московский некрополь» должен был стать и «своего рода охранным документом».
Первый том издания, по его мнению, следовало посвятить захоронениям в Кремле, на Красной площади, в Китай—городе, «дальнейшая работа проводится по отдельным кладбищам». Однако замысел этот остался тогда неосуществленным.
М. Н. Тихомиров, издавна тесно связанный с музеями, активно участвовал в работе Музея истории и реконструкции г. Москвы (в частности, выезжал на места вновь открытых старых зданий или фрагментов их и приглашал на такие консультации своих учеников), в создании Музея имени Андрея Рублева. Он помог сохранению основных принципов экспозиции Оружейной палаты, утверждая в выступлении на совещании 1955 г., что Оружейная палата «создает впечатление колоссального богатства и колоссальной заботы о собирании вещей».[26] М. Н. Тихомирова волнуют не только судьбы музеев и памятников истории и культуры, но и то, что у научной молодежи не воспитывается потребность в познании этого. В статье 1956 г. о подготовке молодых ученых к исследовательской работе он с огорчением и недоумением даже замечает: «…знакомство с памятниками старины, столь многочисленными в Москве, считается необязательным для историков. Иной аспирант—историк просидит в Москве три года и за это время ухитрится ни разу не повидать московские исторические памятники; например, пишет о 1905 годе и не побывает на Красной Пресне».[27]
Темы «История Москвы» и «Памятники Москвы» и в дальнейшем сопутствуют творческим устремлениям М. Н. Тихомирова. Москве и Московскому краю отведено существенное место и в его фундаментальном труде историко—географического характера «Россия в XVI столетии». Эта монография вышла в том же 1962 г., что и небольшая книга «Краткие заметки о летописных произведениях в рукописных собраниях Москвы» – результат неутомимых изысканий в течение сорока лет. Книга эта, по мысли М. Н. Тихомирова, должна была стать «путеводной нитью для других исследователей».
Готовил к печати М. Н. Тихомиров (с помощью Н. Н. Покровского, ныне члена—корреспондента АН СССР) и описание собранной им коллекции