Вообще говоря, разведение сельскохозяйственных животных значительным образом отражалось и на здоровье неолитического человека, и в целом на его культуре. Употребление недостаточно термически обработанного мяса домашних животных нередко приводило к заражению людей биогельминтозами, в частности трихинеллезом. Трихинеллез протекает тяжело, лечился трудно, часто заканчивался смертью. Именно это, по мнению многих исследователей, привело впоследствии к тому, что некоторые религии (иудаизм, ислам) наложили запрет на употребление своими последователями свиного мяса, с которым связано возникновение трихинеллеза. В Африке охота и животноводство способствовали заболеванию людей тринаносомозом (сонной болезнью), переносчиком которой является паразитирующая на животных муха цеце.
Последствия деятельности неолитических земледельцев и скотоводов для природной среды были весьма разнообразны. Практиковавшееся в то время подсечно-огневое земледелие позволяло не только освобождать новые территории, расширяя земледелие, но и получать необходимые минеральные соли для подкормки культурных растений. То, что выжигалась лесная растительность, вело к образованию золы – минерального удобрения, которое на несколько лет обеспечивало сбор высоких урожаев зерновых культур.
Подсечно-огневое земледелие являлось причиной обширных пожаров, в результате которых выгорали большие территории леса, погибало много животных. К подобным результатам приводило и выжигание прошлогодних растительных остатков на луговых и степных участках, которое предпринимали для увеличения запасов кормов для сельскохозяйственных животных.
Распашка земель становилась причиной разрушения естественных экологических ниш многих животных. Результаты этого были весьма различны: одни виды исчезали, другие же, напротив, концентрировались вокруг участков с культурными посевами, где им были обеспечены легко достижимые и богатые корма. Многие из этих видов животных впоследствии одомашнились.
Огромное влияние сельскохозяйственные животные оказали и на природные комплексы. Конкурируя с дикими копытными, они вытесняли их с естественных пастбищ. Одновременно, скопление большого количества крупного рогатого скота на ограниченных участках, расположенных в непосредственной близости к человеческим поселениям, вело к уничтожению травяного покрова. Мелкий рогатый скот (овцы, козы), объедая молодые