В Новгороде же, напротив, про литовские настроения стали все больше усиливаться. Этому способствовали и нестабильная ситуация в Москве, и трения новгородских архиепископов, особенно при Евфимии II, с московскими митрополитами, и постоянные столкновения интересов новгородского боярства с великокняжескими интересами на Двине и Вологодчине. Пока шла междоусобица, Василий II был вынужден мириться с непокорностью новгородцев. Но, расправившись в 1456 г. с последним недругом, он направил свои полки на северо-запад. Сражение состоялось около Старой Русы. Победа великого князя была полной. Князь Оболенский-Стрига и воевода Фёдор Басенок ворвались в город и разграбили его. 4-тысячноее войско новгородцев пыталось сразиться с ними, но потерпело полное поражение (москвичи убивали лошадей под закованными в тяжелые латы новгородцами, и те как снопы валились на землю в полной беспомощности).
Весть о разгроме повергла жителей Новгорода в шок. Срочно было собрано и отправлено представительное посольство к Василию. Тот, хотя и принял послов милостиво, но сразу стал жестко диктовать свои условия: выплатить ему единовременно 8500 руб., ежегодно присылать «черный бор» (дань ордынцам), ничем не ограничивать власть его наместников, не принимать у себя его врагов и вернуть все купленные в его владениях земли. Взамен он отдавал новгородцам Торжок. Послы были вынуждены со всеми требованиями согласиться. С этого времени отношения Новгорода с Москвой нормализовались. В 1460 г. Василий с сыном Юрием (Иван остался «ведать» Москвой) даже приехал к новгородцам погостить и два месяца пировал у них. Узнав об этом, псковичи прислали князю подарки и попросили Юрия стать их князем-защитником. В храме Троицы они возвели его на престол и вручили знаменитый меч Довмонта. Обласканный и одаренный Юрий вернулся в Москву, оставив в Пскове своего наместника.
К концу правления власть Василия II возросла настолько, что он почти перестал платить дань Золотой Орде. Быстро сменяющиеся ханы пытались совершать набеги на русские земли, но каждый раз в районе Оки терпели поражение и были вынуждены возвращаться ни с чем.
В правление Василия Тёмного русская национальная церковь окончательно укрепилась. После смерти в 1378 г. русского по национальности митрополита Алексея московскими митрополитами были присылаемые из Константинополя иностранцы. Некоторые из них, к примеру, Киприан, не со всеми великими князьями могли найти общий язык и не столько поддерживали и укрепляли верховную власть, сколько с ней соперничали. Поэтому союз светской власти с Церковью сложился далеко не сразу. Вступивший в 1410 г. на митрополичий стол грек Фотий обнаружил, что все движимое и недвижимое церковное имущество разграблено. Много усилий пришлось потратить ему, чтобы доказать свою нужность великому князю и вернуть утраченные богатства. Однако после его смерти в 1431 г. вновь Московская митрополия