Серьезные экологические проблемы Монтаны связаны с внедрением вредных видов животных и растений, а также с потерей ценных местных видов. Особенно эта проблема касается рыб, оленей, лосей и сорняков.
Рыболовство в Монтане традиционно держалось на таких видах рыб, как лосось Кларка, большеголовый голец, сибирский хариус и сиг. Все эти виды, кроме сига, исчезают в Монтане по причинам, включающим снижение уровня воды из-за массового полива, повышение температуры воды и степени ее мутности из-за активной вырубки леса, усиленную рыбную ловлю, а в некоторых случаях – и из-за конкуренции видов и скрещивания и гибридизации, как в случае с радужной форелью, гольцом и гольцом большеголовым. Часть рыбы погибла из-за того, что в водоемы завезли щуку и озерную форель. Кроме того, в водоемы попала «пьяная болезнь». Например, щуку в западной Монтане незаконно развели фермеры, любители порыбачить, и этот прожорливый рыбоед быстро распространился по рекам и озерам и уничтожил поголовье гольца и лосося, на которых молились те же фермеры. Точно так же в озере Флэтхед, где традиционно ловили рыбу северных видов, последнюю извела привозная озерная форель.
«Пьяную болезнь» случайно завезли в США из Европы в 1958 году, когда Пенсильвания закупила датскую рыбу, как оказалось, зараженную паразитами. Сейчас паразиты распространились почти по всему Западу, причем отчасти их переносят птицы, но чаще всего – сами люди, выращивая рыбу в питомниках (как государственных, так и частных) и расселяя. Если паразиты единожды попали в водоем, удалить их оттуда уже невозможно. К 1994 году в реке Мэдисон – самой знаменитой лососевой реке Монтаны – поголовье лосося из-за паразитов упало на 90 процентов.
Хотя «пьяная болезнь» и не передается людям, рыболовному туризму она очень вредит. Другая завезенная болезнь – синдром хронической бессонницы оленей и лосей – более опасна, поскольку может вызывать у людей смертельное неизлечимое заболевание. Эта болезнь оленей и лосей является эквивалентом прионных[4] заболеваний других живых существ, из которых наиболее известны болезнь Крейцфельдта – Якоба у людей, коровье бешенство или губчатая энцефалопатия крупного рогатого скота (заразная для людей) и скрейпи (почесуха) у овец. Эти заболевания вызывают неизлечимую дегенерацию нервной системы – ни одного человека, зараженного болезнью Крейцфельдта – Якоба, вылечить не удалось. Впервые синдром хронической бессонницы был зарегистрирован на западе США у лосей и оленей в 1970-х годах, возможно (как предполагают некоторые), из-за того, что животные для опытов, содержавшиеся в университете вместе с овцами, зараженными скрейпи, были затем выпущены на свободу. (Сейчас такое освобождение животных преследуется законом.)